Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian mengenai optimasi PCR untuk deteksi gen matriks (m) virusinfluenza A telah dilakukan. Penelitian bertujuan mendapatkan kondisioptimum PCR yang digunakan untuk mendeteksi salah satu gen yangterkonservasi pada virus influenza A, yaitu gen m, menguji sensitivitas, danspesifisitas PCR dengan menggunakan metode Reverse transcriptionpolymerase chain reaction (RT-PCR). Primer yang digunakan yaitu MAF26--MAR500 dan MAF306--MAR744. Parameter dalam optimasi PCR meliputitemperature annealing (TA), konsentrasi MgCl2, primer, dan Q-solution[Qiagen]. Hasil penelitian menunjukkan penggunaan primer random lebihsensitif dibandingkan dengan oligo(dT) pada reaksi sintesis cDNA. Selain itu,hasil penelitian menyimpulkan kondisi optimum pasangan primer MAF26--MAR500 untuk mendeteksi gen m virus influenza A, yaitu temperatureannealing (TA) 55° C, 3 mM MgCl2, 1 μM primer, dan 0,5x Q-solution[Qiagen], sedangkan pasangan primer MAF306--MAR744 yaitu TA 59,5° C, 3mM MgCl2, 1 μM primer, dan 0,5x Q-solution [Qiagen]. Uji sensitivitasmenunjukkan pasangan primer MAF26--MAR500 dapat mendeteksi gen mvirus influenza A sampai 0,05 ng/μl (dengan two-step RT-PCR) dan 0,02048HA/unit (dengan one-step RT-PCR), sedangkan pasangan primer MAF306--MAR744 dapat mendeteksi sampai 0,5 ng/μl. Uji spesifisitas dari spesimeninfluenza H5N1, H1N1, dan H3N2, menunjukkan bahwa teknik PCR dapat mendeteksi influenza A tanpa adanya cross-reaction pada sejumlah bakterisaluran pernapasan."

"Penelitian deteksi fragmen gen NA virus avian influenza (AI) subtipe H5N1 telah dilakukan menggunakan 4 pasang primer NA yang dirancang oleh peneliti di Laboratorium IHVCB, yaitu NIF64 + NIR320, NIF306 + NIR537, NIF600 + NIR774, dan NIF757 + NIR975. Tujuan penelitian mengetahui spesifisitas dan sensitivitas primer yang telah dirancang dalam mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Teknik two-step RT-PCR digunakan untuk mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Uji spesifisitas PCR keempat pasangan primer dilakukan menggunakan sampel virus influenza A/chicken/Indonesia/2005 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2007 (H5N1); A/Indonesia/2007 (H3N2); A/Indonesia/2007 (H1N1); bakteri Streptococcus pneumonia, Neisseria meningitidis, dan Haemophilus influenzae. Uji sensitivitas PCR dilakukan dengan pengenceran bertahap terhadap cDNA virus influenza A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1) dengan nilai konsentrasi 0,1 pg/μl--10 ng/μl. Hasil penelitian menunjukkan keempat pasangan primer memiliki spesifisitas tinggi terhadap virus AI subtipe H5N1, tidak pada subtipe H1N1 dan H3N2, serta tidak terjadi reaksi silang antara primer dan gen bakteri patogen saluran pernapasan. Pasangan primer NIF306 + NIR537 mempunyai sensitivitas PCR paling tinggi dibandingkan ketiga pasangan primer lainnya karena dapat mendeteksi gen NA dengan nilai konsentrasi cDNA terendah sebesar 1 pg/μl sehingga paling baik digunakan pada uji diagnostik AI dengan RT-PCR."

"Spesimen Avian Influenza Virus (AIV) H5N1 untuk pengembangan vaksin maupun sistem diagnostik sulit diperoleh. Hal tersebut menginisiasi usaha untuk memperoleh fragmen-fragmen DNA penyandi protein AIV H5N1 melalui teknik sintesis DNA in vitro. Sintesis fragmen tersebut menggunakan teknik PCR yang diinisiasi oleh overlapping extension PCR. Teknik tersebut dipilih karena merupakan salah satu cara yang relatif mudah dan murah untuk memperoleh DNA serat ganda sintetik. Penelitian sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dengan inisiasi overlapping extension PCR telah dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jakarta Pusat selama 6 bulan (November 2007--April 2008).Penelitian bertujuan untuk memperoleh metode optimal dalam sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005. Oligonukleotida yang digunakan untuk inisiasi DNA serat ganda maupun untuk perpanjangan produk PCR dirancang berdasarkan informasi susunan nukleotida yang diperoleh dari ISD Nucleotide Record melalui internet. Inisiasi sintesis DNA serat ganda dilakukan dengan teknik PCR, menggunakan sepasang oligonukleotida dengan susunan nukleotida yang komplementer satu sama lain pada ujung 3'. Serat ganda yang terbentuk digunakan sebagai pola cetak (template) untuk sintesis fragmen-fragmen yang lebih panjang dengan menggunakan pasangan-pasangan primer yang mengandung penambahan susunan nukleotida pada ujung 5'. Lima variasi metode penambahan primer digunakan untuk memperoleh metode optimal dalam sintesis fragmen tersebut.Hasil penelitian menunjukkan 2 dari 5 metode penambahan primer berhasil membentuk fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 sintetik dengan ukuran 446 pb; yaitu metode ke-4 dan metode ke-5. Metode ke-4 dilakukan dengan cara menambahkan delapan pasang primer dalam empat kali reaksi PCR, dengan selang 3 siklus untuk satu pasang primer dalam satu reaksi PCR. Metode ke-5 dilakukan dengan cara menambahkan delapan pasang primer dalam delapan kali reaksi PCR. Berdasarkan efisiensi waktu dan efektivitas penggunaan bahan dan biaya, maka metode optimal dalam sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 adalah metode ke-4. Fragmen DNA yang diperoleh masih perlu dikonfirmasi dengan uji sekuensing susunan nukleotida."

"Translokasi bakteri merupakan kejadian yang diinisiasi oleh adanya reaksi inflamasi pada permukaan usus dan dapat menyebabkan terjadinya sepsis. Bifidobacterium anima/is subspesies lactis merupakan salah satu bakteri probiotik yang dapat memberikan efek anti-inflamasi, sehingga dapat menghambat terjadinya translokasi bakteri. Gen dnaK merupakan sekuens penanda yang dapat digunakan untuk deteksi B. anima/is subsp. lactis. Optimasi dilakukan untuk mendapatkan pasangan primer optimal dalam kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dengan metode kuantitatif Real-time PCR. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuen gen dnaK B.ani malis subsp.lacti s [ABOTO1000010.1] menggunakan program pri mer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan 5 konsentrasi berbeda, yaitu 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, dan 1.000/1.000 nM. Konsentrasi optimal pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK untuk kurva standar adalah 1.000/ 1.000 nM dengan nilai efisiensi 95.397% dan R2 0,998. Konsentrasi pasangan primer 50/50--1.000/1.000 nM dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA target dengan kisaran nilai Ct sebesar 16,13--31,89. Konsentrasi primer dan DNA sampel tidak berpengaruh dan berkorelasi terhadap nilai Ct. Konsentrasi sampel DNA target terkecil yang dapat terkuantifikasi dengan baik oleh pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK 300/ 300 nM sampai dilusi 10-4 Pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK dapat dikembangkan untuk kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dalam sampel feses bayi pada kejadian sepsis.

---

Bacterial translocation is an event that is initiated by the presence of an inflammatory reaction at the surface of the intestine and can lead to sepsis. Bifzdobacterium anima/is subspecies lactis is a probiotic bacterium that can provide anti-inflammatory effect, so as to prevent the occurrence of bacterial translocation. dnaK is a marker gene sequences that can be used for detection of B. anima/is subsp. lactis. Optimization is performed to obtain optimal primer pair in quantifying B. anima/is subsp. lactis by the method of real-time quantitative PCR. Isolate DNA were isolated from infant feces samples using phenol­ chloroform method. Primer pairs designed based on gene sequences B.anima/is subsp.lactis dnaK f ABOTO1000010.11 using primer3 program. The primary optimization is done using 5 different concentrations, namely 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, and 1.000/1.000 nM. F HN019 dnaK optimal primer pair concentrations and R HN019 dnaK for standard curve were 1,000 I 1,000 nM with 95,397% efficiency values and R2 0.998. 50/50--1.000/1.000 nM concentration of primer pairs can be used for quantification of the target DNA with a range of Ct values of 16.13 to 31, 89. Primer concentration and DNA samples have no effect and relation with the Ct value. The smallest concentration of the target DNA sample that can be quantified well by F_HN019_dnaK and R HN019 dnaK primer pair 300/300 nM is up to dilution 10-4 R HN019 dnaK F_HN019_dnaK primer pairs can be developed for the quantification of B. anima/is subsp. lactis in fecal samples of infants on the incidence of sepsis."

"Tumor supresor gen p53 (TP53) merupakan salah satu marker yang digunakan untuk mendeteksi terjadinya mutasi pada sel kanker. Sampel Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) merupakan metode penyimpanan sampel untuk jangka panjang. Sampel FFPE mengandung materi genetik dan protein. Namun, DNA yang terkandung pada sampel FFPE sering mengalami degradasi yang menyebabkan rendahnya konsentrasi DNA yang dapat diamplifikasi dengan metode PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi optimal PCR dalam amplifikasi gen target TP53 pada sampel FFPE yang telah tersimpan lebih dari satu tahun. Terdapat dua primer yang digunakan pada penelitian ini, yaitu primer referensi dari penelitian sebelumnya dan primer yang dirancang sendiri. Kemampuan deteksi dari primer referensi dievaluasi menggunakan satu kali PCR. Kemudian dilanjutkan dengan amplifikasi gen target TP53 menggunakan dua metode PCR yaitu nested PCR dan two round PCR. Selanjutnya dilakukan perbandingan ketebalan pita amplikon pada kedua metode tersebut. Evaluasi primer referensi menunjukkan bahwa primer dapat digunakan untuk mendeteksi ekson 2 hingga 11 dari gen TP53. Hasil visualisasi produk PCR dari metode nested PCR yang dibandingkan dengan metode two round PCR menunjukkan bahwa pita ekson gen TP53 lebih tebal apabila deteksi dilakukan dengan menggunakan metode two round PCR.

---

Tumor suppressor gene p53 (TP53) is one of the markers used to detect mutations in cancer cells. Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) samples are a method of storing samples for the long term. FFPE samples contain genetic material and protein. However, the DNA contained in FFPE samples is often degraded which causes a low concentration of DNA that can be amplified by the PCR method. This study was conducted to determine the optimal PCR conditions for the amplification of the TP53 target gene in FFPE samples that have been stored for more than one year. There were two primers used in this study, namely reference primers from previous studies and self-designed primers. The detectability of the reference primers was evaluated using one-time PCR. Then continued with the amplification of the TP53 target gene using two PCR methods, namely nested PCR and two round PCR. Furthermore, a comparison of the thickness of the amplicon tape in the two methods was carried out. Evaluation of the reference primers showed that the primers could be used to detect exons 2 through 11 of the TP53 gene. The results of visualization of PCR products from the nested PCR method compared with the two round PCR method showed that the exon band of the TP53 gene was thicker when the detection was carried out using the two round PCR method."

"Toxoplasma gondii adalah protozoa intraselular yang dapat menyebabkan toksoplasmosis. Pada orang sehat (imunokompeten) inteksi biasanya tidak disertai gejala klinis, sedangkan pada penderita imunokomipromais terutama pada penderita AIDS infeksi dapat berakibat fatal. Infeksi primer pada wanita hamil dapat mengakibatkan terjadinya transmisi melalui plasenta ke janin. Karena iti pemeriksaan laboratorium mutlak diperlukan untuk menentukan adanya infeksi T.gondii, sehingga pengobatan dapat diberikan dengan segera untuk menghindari kerusakan lebih lanjut. Diagnosis Toxoplasmosis biasanya dilakukan dengan uji serologi."

"Toxoplasma gondii adalah protozoa intraselular yang dapat menyebabkan toksoplasmosis. Pada orang sehat (imunokompeten) infeksi biasanya tidak disertai gejala klinis, sedangkan pada penderita imunokompromais terutama pada penderita AIDS infeksi dapat berakibat fatal. Infeksi primer pada wanita hamil dapat mengakibatkan terjadinya transmisi melalui plasenta ke janin. Karena itu pemeriksaan laboratorium mutlak diperlukan untuk menentukan adanya infeksi T.gondii, sehingga pengobatan dapat diberikan dengan segera untuk menghindari kerusakan lebih lanjut.Penelitian ini bertujuan untuk menentukan apakah Polymerase chain reaction (PCR) dengan menggunakan gen P30 dapat mendeteksi DNA T.gondii. Pada DNA yang diisolasi dilakukan PCR terhadap target gen P30 menurut metode menurut metode Weiss dkk. dan Chang & Ho. Primer gen P30 terdiri dari oligo 1 : 5'CACACGGTTGTATGTCGGTTTCGCT3' dan oligo 2 : 5'TCAAGGAGCTCAATG TTACAGCCT3'. Sampel DNA yang digunakan untuk PCR dengan target gen P30 terdiri dari berbagai macam bahan yaitu : (a) DNA murni T.gondii dengan berbagai konsentrasi, (b) campuran DNA murni T.gondii dengan DNA darah manusia sehat, (c) DNA dari takizoit yang berasal dari campuran 99 ml darah manusia sehat dengan 1 ml suspensi takizoit yang masing-masing mengandung 1000,100, 50, 40, 30, 20 dan 10 takizoit. PCR dengan target gen P30 yang dilakukan menurut metode Weiss dkk. memberikan pita yang tidak spesifik. Pada metode Chang & Ho penggunaan siklus sebanyak 30, 35, 40 dan 45 siklus tidak memberikan gambaran pita, sedangkan penggunaan 50 siklus baru memberikan hasil pita spesifik T.gondii pada elektroforesis.Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa konsentrasi minimal DNA T.gondii yang masih terdeteksi pada sampel DNA murni T.gondii adalah 1 pg, pada sampel DNA murni T.gondii yang dicampur dengan DNA manusia sehat adalah 0,025 ng dan pada sampel darah manusia sehat yang dicampur dengan suspensi takizoit adalah DNA yang berasal dari minimal 20 takizoit. Dengan demikian dapat disimpulkan PCR dengan menggunakan target gen P30 dapat digunakan untuk mendeteksi DNA T.gondii.

---

Detection of P30 gene to diagnosis of toxoplasmosis by using polymerase chain reaction. Toxoplasma gondii is an intracellular protozoan which causes toxoplasmosis. In healthy persons (immunocompetent) the infection is usually asymptomatic; however in immunocompromised patients, especially AIDS patients, the infection can be fatal. Primary infection in pregnant women can be transmitted to the fetus via the placenta. Therefore laboratory examination is absolutely neccesary to assess the presence of T.gondii infection hence prompt treatment can be given to prevent further damage.The aim of this study is to know whether by using P30 gene as target the Polymerase chain reaction (PCR) can detect T.gondii DNA in Indonesia. The PCR was performed on the DNA which had been isolated against P30 gene as target by using the method described by Weiss et al and Chang & Ho. The P30 gene primers consisted of oligo 1: 5'CACACGGTTGTATGTCGGTTTCGCT3' and oligo 2: 5'TCAAGGAGCTCAATGTTAC GCT3'. The DNA samples used in the PCR with P30 gene as target were derived from the following materials: (a) pure T.gondii DNA of various concentrations, (b) a mixture of pure T.gondii DNA and normal human blood DNA, (c) tachyzoite DNA derived from the mixture of 99 ml normal human blood and 1 ml tachyzoite suspension with the following amount of tachyzoites :1000,100, 50, 40, 30, 20 and 10 tachyzoites. It was shown that no specific bands were observed in the PCR with P30 gene as target (performed according to the method described by Weiss et al). The PCR according to the method described by Chang & Ho did not show any band when 30, 35, 40 and 45 cycles of PCR were used however, by using 50 cycles a specific band was observed.The results obtained showed that the minimal DNA concentrations which still could be detected using P30 gene as target were as follows : 0.001 ng DNA in 50 ml PCR solution from samples of pure DNA, 0.025 ng DNA in 50 ml PCR solution from samples of pure DNA mixed with normal human blood and the amount of DNA originated from at least 20 tachyzoites. It was concluded that the assay using P30 gene as target could be used for detecting T.gondii DNA in Indonesia."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian : Respon ovarium terhadap stimulasi FSH (Follicle Stimulating Hormone) pada setiap individu akan bervariasi dari hiporespon sampai hiper-respon yang dapat menyebabkan hiperstimulasi. Diduga hal ini berkaitan dengan adanya polimorfisme pada kodon 680 ekson 10 gen reseptor FSH (FSHR). Dengan demikian polimorfisme FSHR ini dapat dijadikan prediktor dalam menentukan dosis preparat FSH untuk induksi folikel ovarium wanita peserta program reproduksi berbantuan. Pada situs polimorfik ini akan mengkode asam amino Asparagin (Asn) atau Serine (Ser), sehingga genotip FSHR yang terbentuk adalah homosigot Asn (NN), heterosigot Asn/Ser (NS), dan homosigot Ser (SS). Metoda Polymerase Chain Reaction - Single Stranded Conformation Polymorphisms (PCR-SSCP) dan Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphisms (PCR-RFLP) dapat digunakan untuk mendeteksi polimorfisme pada kodon 680 ekson 10 gen FSHR. Penelitian ini merupakan studi cross-sectional dengan subyek 91 wanita usia reproduktif peserta program reproduksi berbantuan dengan teknik IVF (in vitro fertilization) dan ICSI (infra cytoplasmic sperm injection) dengan informed consent. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan studi tentang perbandingan efektivitas metoda PCR-SSCP dan PCR-RFLP untuk deteksi polimorfisme kodon 680 ekson 10 gen FSHR.Hasil dan Kesimpulan : Hasil penelitian ini memperlihatkan bahwa hasil uji beda proporsi yang berpasangan nilai p (n = 91) = 0,491 adalah tidak berbeda bermakna, sedangkan uji kesesuaian kappa (x) = 0,795 adalah sangat kuat dengan nilai p (n = 91) < 0,01 adalah sangat bermakna. Kesimpulan penelitian ini adalah Ho diterima karena metoda PCR-SSCP dan PCR-RFLP mempunyai efektivitas yang lama untuk mendeteksi polimorfisme pada kodon 680 ekson 10 gen FSHR. Metoda PCR-SSCP digunakan untuk deteksi polimorfisme kodon 680 ekson 10 gen FSHR pada jumlah sampel besar dan perlu dilakukan klarifikasi dengan metoda PCR-RFLP sebagai pembanding, sedangkan metoda PCR-RFLP untuk jumlah sampel kecil. Klarifikasi genotip FSHR dilakukan dengan analisis sikuensing DNA."

"ABSTRAKAntibodi poliklonal matriks 1 Virus Influenza A H1N1 dapat dimanfaatkan untuk pendeteksian antigen matriks 1 dalam pengembangan sistem diagnostik maupun pengembangan vaksin virus influenza A. Antibodi poliklonal antara lain dapat diperoleh dengan imunisasi kelinci menggunakan antigen rekombinan M1. Protein rekombinan M1 yang digunakan sebagai antigen diekspresikan pada EscherichiacoliBL21 dan dipurifikasi menggunakan resin Ni¬NTA, kemudian digunakan dalam imunisasi 1 ekor kelinci betina, Oryctalogouscuniculus,galur NewZealandWhite. Respon antibodi spesifik M1 diuji dengan ELISA dan westernblot. Hasil uji ELISA yang dinilai pada panjang gelombang 450 nm, menunjukkan titer antibodi yang tinggi pada serum paska imunisasi terhadap antigen M1 rekombinan (0,544) dibandingkan dengan serum pra imunisasi (0,102).Hasil uji westernblotmenunjukkan adanya reaktivitas serum kelinci paska imunisasi dengan pita protein berukuran ~27 kDa, yang diartikan sebagai adanya respon antibodi spesifik terhadap antigen M1, sedangkan serum kelinci pra imunisasi tidak memperlihatkan reaksi dengan pita protein berukuran 27 kDa tersebut. Terlihat pula adanya reaksi non spesifik yang relatif lemah terhadap pita protein lainnya, baik pada serum paska imunisasi maupun pra imunisasi yang menunjukkan adanya residu protein EscherichiacoliBL21 pada sediaan antigen M1 hasil purifikasi. Antibodi poliklonal yang diperoleh dapat digunakan untuk mendeteksi antigen M1 baik untuk pengembangan uji diagnostik maupun vaksin influenza A H1N1.

---

ABSTRACTPolyclonal antibody against influenza A H1N1 matrix 1 protein can be utilized for detection of matrix 1 antigen in the development of Influenza A diagnostic system and vaccine. Polyclonal antibody can be obtained by rabbit immunization using M1 recombinant antigen. M1 recombinant proteins that will be used as antigen was expressed in EscherichiacoliBL21 and purified using Ni-NTA resin. This recombinant antigen was used for immunization of female rabbit, Oryctalogouscuniculus,NewZealandWhitestrain. M1-specific antibody responses were tested by ELISA and westernblot. ELISA test results at a wavelength of 450 nm, showed a high antibody titer in the post-immunization serum against the recombinant antigen M1 (0,544) compared with the preimmunization serum (0,102). Westernblottest results showed reactivity of post-immunized serum against a band of ~ 27 kDa protein, which indicate the presence of specific antibody response against M1 antigen, whereas preimmunization rabbit serum showed no reaction with the 27 kDa protein band. The existence of non-specific reactions that are relatively weak against other protein bands was also observed , both in the post-immunization and pre-immunization sera, indicating the presence of residual E.coliprotein in the purified M1 antigen preparation. The Polyclonal antibody obtained in this study can be used to detect M1 antigen, for development of H1N1 Influenza A diagnostic test and vaccine."