Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Demam Berdarah Dengue (DBD) telah menjadi global pandemik dan menjangkiti lebih dari 25% populasi dunia serta menjadi ancaman bagi Asia yang merupakan area endemik untuk DENV (Dengue Virus) 1, 2, 3, dan 4. Penderita di wilayah tersebut dapat terserang penyakit dengue lebih dari satu kali oleh serotipe virus dengue yang berbeda sehingga dibutuhkan langkah yang efektif untuk menanggulangi keempat serotipe sekaligus. Pada penelitian ini dilakukan perancangan vaksin peptida yang bersifat tetravalen dengan backbone protein capsid DENV-2. Perancangan didasarkan atas prediksi epitope terhadap sel T dan sel B pada sistem imun manusia menggunakan server NetMHCIIpan dengan parameter MHC HLA (Human Leukocyte Antigen) kelas II dan mode algoritma Artificial Neural Network (ANN), serta prediksi epitope terhadap sel B yang dilakukan dengan server Immune Epitope Database (IEDB). Enam sekuens vaksin diperoleh atas dasar variasi posisi epitope DENV-1, 3, dan 4 yang menjadi substituen pada backbone DENV-2. Analisa BLASTp menunjukkan bahwa keenam sekuens vaksin ini mempunyai 73 - 75 % identity dengan sekuens protein capsid DENV-2 native sehingga hasil rancangan vaksin tersebut dapat dilakukan prediksi struktur tersier melalui metode homology modeling. Evaluasi struktur tersier vaksin ditinjau dari Ramachandran Plot, jumlah residu yang tumpang tindih, dan VAST. Dari hasil evaluasi, diperoleh dua rancangan vaksin terbaik yaitu Vaksin 3 dan Vaksin 5 dengan persentase residu non glisin pada disallowed region berkisar 7,50 % dan 8,75 %, tidak ada residu yang tumpang tindih, serta score VAST 6,0. Rancangan vaksin tersebut kemungkinan besar memiliki kesamaan fungsional dengan protein capsid DENV-2 native dalam merangsang respon imun tubuh dan memiliki kualitas struktur protein yang baik.

---

Dengue becomes global pandemic in more than 25% of world population. The patient can be infected in more than once by other serotypes because Asia is endemic area for DENV-1, 2, 3, 4. So, we need the effective way to prevent all serotypes. On this research, tetravalent vaccine with capsid DENV-2 protein as the backbone have been designed based on T-cell and B-cell epitope prediction of human immune system. Epitope prediction servers that were used are NetMHCIIpan server and Immune Epitope Database (IEDB) server with HLA class II and Artificial Neural Network (ANN) algorithm mode. Six sequences of vaccine design are obtained, based on variation of DENV-1, 3, 4 epitope position. BLASTp analysis showed that all of vaccine designs have similarity score about 73 - 75 % thus can be predicted through homology modeling. Evaluation of tertiary structures have been seen on Ramachandran Plot, number of residue making clashes, and VAST similarity searching. Based on the result, Vaccine 3 and Vaccine 5 are the best vaccine designs with percentage of non-glycine residue on disallowed region about 7,50 % and 8,75 %, no residue making clashes, and VAST score about 6,0. The vaccine designs have been optimized that have functional similarity with native capsid DENV-2 protein thus can induced the human immune system and have good qualities."

"Penyakit dengue merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus dengue dengan empat serotipenya yaitu DENV-1, 2, 3, dan 4. Untuk mengurangi terjadinya penyakit dengue dari keempat serotipe yang ada, maka perlu dirancang vaksin peptida yang bersifat tetravalen dan mencegah infeksi semua serotipe dengue menggunakan protein E (envelope) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope sel T protein E DENV1-4 menggunakan server MULTIPRED dengan HLA kelas II DR dan algoritma Hidden Markov Model (HMM), dan prediksi epitope sel B protein E DENV-3 menggunakan Conformational Epitope Prediction (CEP) server. Perancangan vaksin dilakukan dengan mensubstitusikan epitope sel T highest binders protein E DENV-1,2, dan 4 ke dalam epitope sel T non binders backbone protein E DENV-3. Dengan memvariasi posisi epitope pensubstitusi maka diperoleh enam rancangan vaksin peptida dengue yang bersifat tetravalen. Hasil BLASTp menunjukkan keenam rancangan vaksin mempunyai 93% identity dengan protein E DENV-3 native. Struktur tersier vaksin diprediksi melalui homology modeling. Dari hasil analisis struktur tersier diperoleh empat rancangan vaksin yang terbaik, yaitu HMM1-2-4, HMM1-4-2, HMM2-1-4, dan HMM4-1-2 dengan persentase residu non glisin pada disallowed region berkisar 2% dan score VAST 61,5. Prediksi sistem ekspresi protein menghasilkan sel serangga sebagai host yang sesuai untuk mengekspresikan keempat vaksin tersebut. Rancangan DNA rekombinan menggunakan plasmid pBlueBac4.5 sebagai vektor transfer baculovirus dan insersi sekuens DNA vaksin menggunakan enzim restriksi BamH1 dan EcoR1. Prediksi modifikasi post translation menunjukkan hanya modifikasi N-glikosilasi yang paling mungkin terjadi terhadap protein vaksin dalam sel serangga."

"ABSTRAKPenyakit dengue yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan masyarakat yang dihadapi oleh dunia, terutama negara-negara tropis dan subtropis. Virus dengue (DENV) memiliki empat serotype (DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4) dan DENV-3 merupakan virus dengue yang besar penyebarannya di Indonesia. Untuk mengurangi terjadinya insidensi penyakit dengue, diperlukan suatu tindakan pencegahan dengan cara pengembangan vaksin. Pengembangan vaksin yang dilakukan ialah secara in silico, dengan merancang vaksin dengue virus yang bersifat tetravalent menggunakan protein envelope (E) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope T cell ditentukan melalui server MULTIPRED dengan metode algoritma HMM dan prediksi epitope B cell dilakukan melalui Conformational Epitope Prediction server (CEP). Epitope T cell dari virus dengue serotype 1, 2, dan 4 disubstitusi ke dalam backbone DENV-3 sehingga didapatkan enam rancangan sekuens peptide vaccine dengue (vaksin HMM1-6). Rancangan sekuens tersebut dicari kesamaan strukturnya melalui program BLAST dan menghasilkan 93% identity. Hasil struktur tiga dimensi protein dari homology modelling dengan server SwissModel, baik First Approach Mode maupun Optimise Mode, kualitasnya sudah baik karena plot residu non glisin yang ada pada disallowed region jumlahnya lebih kecil dari 15% jumlah seluruh residu protein. Vaksin HMM4 (2-4-1) dan vaksin HMM6 (4-2-1) merupakan struktur vaksin yang memiliki similaritas struktur paling besar dengan nilai score-nya 64.5, hasil pembandingan struktur dengan program VAST. Sehingga dapat dikatakan vaksin HMM4 dan vaksin HMM6 adalah rancangan vaksin paling baik, didasarkan similaritasnya dengan struktur protein E DENV-3 native. "

"Penyakit demam berdarah dengue (DBD) merupakan penyakit yang menjadi problem utama kesehatan masyarakat karena sifatnya yang epidemik di daerah tropis dan subtropis. Penyakit demam berdarah dengue disebabkan oleh virus dengue yang memiliki 4 (empat) serotype yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Untuk mengurangi kasus penyakit demam berdarah dengue, maka perlu dilakukan perancangan vaksin peptida yang bersifat tetravalen. Protein E (envelope) dari keempat serotype DENV digunakan untuk merancang vaksin dengan backbone DENV-2. Epitop T cell diprediksi menggunakan metode algoritma Artificial Neural Network. Epitop T cell highest binder protein E DENV-1, DENV-3, DENV-4 disubsitusikan ke dalam epitop T cell pada sekuens protein E DENV-2 backbone. Rancangan sekuens protein vaksin yang dihasilkan dibandingkan dengan database. Struktur tersier vaksin diprediksi dengan homology modeling menggunakan First Approach Mode dan Optimise Mode. Struktur tersier dibandingan dengan database. Pemilihan host, vektor plasmid, dan enzim restriksi dilakukan untuk membuat rekombinan vaksin peptida melalui perancangan plasmid rekombinan dan analisis modifikasi post translasi. Hasil penelitian in silico didapatkan enam sekuens vaksin yang memiliki 93 % identity. Struktur tersier vaksin peptida memiliki kualitas yang baik, ditunjukkan dengan jumlah residu non glisin pada dissallowed region dari Ramachandran plot sekitar 1,8 % (lebih kecil 15 %). Vaksin peptida ANN1 (1-3-4) dan ANN3 (3-1-4) memiliki similaritas paling tinggi dengan VAST score 64,7 dan nilai RMSD 0,2 Å hasil homology modeling dengan First Approach Mode. Host untuk ekspresi vaksin peptida dengue yang paling sesuai adalah sel serangga. Plasmid rekombinan dihasilkan menggunakan vektor plasmid pBacPAK8 dan enzim restriksi EcoRI dan XhoI. Prediksi modifikasi post translasi pada protein vaksin yang paling memungkinkan adalah N-glikosilasi."

"ABSTRAKKanker mulut rahim merupakan kanker terbanyak yang di derita oleh parawanita dan menduduki urutan pertama dari sepuluh jenis kanker dl Indonesia.Kanker inl disebabkan oleh infeksl Human Papillomavirus (HPV). Dalamkemampuannya memlcu kanker mulut rahim, HPV digolongkan menjadi duatipe yaitu tipe high-risk dan tipe low-risk. Tipe HPV yang termasuk high-riskdi dunia adalah tipe 16, 18, 31, dan 45, sedangkan di Indonesia adalah tipe16, 18, dan 52. Untuk mengurangi tingginya insiden kanker mulut rahim yangterjadi, perlu dikembangkan tindakan pencegahan dengan merancang suatuvaksin. Jenis vaksin yang tengah dikembangkan adalah vaksin chimericVirus-like Particle yang mempunyai sifat polyvalent dengan caramensubstitusikan epitope-epitope dari protein LI HPV 18, 31, 45, dan 52 kedalam protein backbone 11 HPV 16. Vaksin ini diharapkan dapat memicurespon imunitas terhadap kelima tipe HPV tersebut. Untuk memprediksiepitope T-cell digunakan server MULTIPRED dengan kedua metodealgoritma. Artificial Neural Network dan Hidden Markov Model. Sedangkan untuk memprediksi epitope B-cell dlgunakan server Conformational EpitopePrediction (CEP). Hasil rancangan vaksin dilakuikan pembandingansimilaritas dengan protein database dengan server BLAST dan didapat 91%identity. Struktur vaksin cVLP divisuallsasikan dan dilakukan homologymodeling dengan menggunakan program Swiss-PdbViewer/DeepView. Darlhasil evaluasi menggunakan Ramachandran Plot dan metode VAST didapatstruktur tersier vaksin memiliki kesamaan struktur dengan protein database11 HPV 16 yaitu 92% identity. Hal ini menunjukkan bahwa vaksin yangdirancang mempunyai kualitas yang cukup baik dan dapat digunakan sebagaivaksin"

"Demam Berdarah Dengue merupakan penyakit yang ditularkan oleh nyamuk betina Aedes aegepty. Penyakit ini disebabkan oleh 4 serotipe virus yang berbeda, yaitu DENV 1, DENV 2, DENV 3, dan DENV 4. Salah satu penanggulangan penyebaran demam berdarah adalah dengan melakukan vaksinasi. Vaksin Dengvaxia merupakan vaksin penanggulangan demam berdarah terbaru yang diperuntukkan untuk seseorang yang pernah terinfeksi DBD dari suatu serotipe virus sedemikian sehingga vaksin tersebut dapat mencegah seseorang terinfeksi DBD untuk kedua kalinya dengan serotipe virus yang berbeda. Oleh karena itu, penelitian ini mengkonstruksi model penyebaran penyakit demam berdarah dengan menggunakan dua serotipe virus dan intervensi vaksin Dengvaxia. Dari analisis model didapat empat titik keseimbangan, salah satu di antaranya merupakan titik keseimbangan bebas penyakit, sedangkan tiga titik keseimbangan lainnya menampilkan kondisi endemik dari serotipe tunggal masing-masing virus dan koeksistensi kedua serotipe. Bilangan reproduksi dasar (R0) dan eksistensi titik keseimbangan disajikan secara analitik, sedangkan kestabilan titik endemik ditampilkan secara numerik. Berdasarkan hasil simulasi numerik, dapat diketahui bahwa intervensi vaksin Dengvaxia berperan dalam mengurangi jumlah infeksi kedua dari penyakit Demam Berdarah Dengue.

---

Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) is an infectious disease caused by 4 serotype of viruses, namely DENV 1, DENV 2, DENV 3, and DENV 4. One way to prevent the spread of dengue fever is by vaccination. Dengvaxia vaccine is the latest dengue fever control vaccine intended for someone who has been infected with DHF from a virus serotype so that the vaccine can prevent someone from being infected with DHF a second time with a different virus serotype. Therefore, this study constructs a model for the spread of dengue fever by using two virus serotypes and the intervention of the Dengvaxia vaccine. From the analysis of the model, four equilibrium points were obtained, one of which is a disease-free equilibrium point, while the other three equilibrium points represent the endemic conditions of a single serotype of each virus and the coexistence of the two serotypes. The basic reproduction number (R0) and the existence of the equilibrium point are presented analytically, while the stability of the endemic point is presented numerically. Based on the numerical simulation results, it can be seen that the Dengvaxia vaccine intervention plays a role in reducing the number of second infections from Dengue Hemorrhagic Fever."

"Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV sendiri berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high-risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada backbone protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T-cell dilakukan melalui server MULTIPRED, sedangkan untuk epitope B-cell dilakukan melalui server Conformational Epitope Prediction (CEP). Dari prediksi epitope T-cell dan B-cell, didapatkan empat rancangan sekuen vaksin yang dari pengujian similaritas sekuen terhadap protein L1 HPV-16 native melalui BLAST, keempatnya menghasilkan 96% identity. Keempat sekuen vaksin kemudian diprediksi struktur tersiernya melalui homology modelling dengan menggunakan viewer molekuler DeepView/Swiss-Pdb Viewer 3.7 dan server Swiss-Model. Struktur hasil homology modelling kemudian dievaluasi melalui Ramachandran Plot. Hasil evaluasi menunjukkan kualitas keempat struktur vaksin baik, sehingga kemudian keempat struktur vaksin diuji similaritas struktur tersiernya dengan protein L1 HPV native pada database Protein Data Bank (PDB) melalui VAST. Hasil VAST menunjukkan bahwa keempat vaksin memiliki nilai RMSD yang sama yakni 0,1 ?; sehingga dapat dikatakan keempat vaksin secara struktural sama dengan protein L1 HPV-16 native."

"Virus dengue merupakan penyebab demam berdarah dengue dan bersifat endemik di Indonesia. Kejadian luar biasa (KLB) demam berdarah dengue yang dulu terjadi setiap 5 tahun berubah menjadi setiap tahun sejak 1998. Strain virulen virus dengue yang berdaya infektivitas tinggi diduga merupakan pengubah pola KLB. Virulensi diduga dikendalikan oleh gen E.Penelitian bertujuan untuk karakterisasi genetik gen E terhadap 4 sampel virus dengue serta mengetahui penggolongan filogenetik virus dengue asal Jakarta dan Bandung di antara genotipe yang telah ada. Keempat sampel adalah isolat dengue serotipe 1, 2, 3, dan 4 (DEN-1,-2,-3, dan -4) dari penderita demam berdarah dengue yang dikoleksi oleh Viral Diseases Program US NAMRU-2 pada tahun 2003-2005.Metode penelitian adalah amplifikasi segmen struktural genom menggunakan teknik RT-PCR, sequencing gen E, alignment gen E sampel terhadap strain virus yang telah diketahui (ClustalX 1.83 dan MegAlign), serta analisis filogenetik berdasarkan metode neighbor-joining (ClustalX 1.83). Hasil RT-PCR pada DEN-1 berukuran 1.605 dan 1.449 pb (pasangan basa), pada DEN-2 berukuran 1.282 dan 1.505 pb, pada DEN-3 berukuran 1.541 dan 865 pb, serta pada DEN-4 berukuran 1.664 dan 1.339 pb. Hasil sequencing gen E DEN-1,-2,-4 berukuran 1.485 pb, sedangkan gen E DEN-3 berukuran 1.479 pb.Hasil tersebut menunjukkan tidak adanya delesi maupun insersi pada gen E keempat sampel. Terhadap prototype, gen E sampel DEN-1 mengalami substitusi histidin􀃆tirosin pada asam amino ke-437, sampel DEN-2 mengalami substitusi asam aspartat􀃆asam glutamat pada asam amino ke-329, sampel DEN-3 mengalami substitusi serin􀃆fenilalanin pada asam amino ke-124, dan sampel DEN-4 tidak mengalami substitusi yang spesifik. Sampel DEN-1 dan DEN-4 termasuk genotipe II, sampel DEN-2 anggota genotipe IV, sampel DEN-3 anggota genotipe I."