Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Epidemi dengue menyerang berbagai negara di dunia, khususnya negara-negara tropis dan subtropis. Infeksi dengue disebabkan oleh dengue virus (DV) yang memiliki serotype (DV1, DV2, DV3, dan DV4). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan desain sekuens vaksin dengue yang bersifat tetravalen melalui studi bioinformatika. Protein envelope (E) pada keempat serotype DV digunakan untuk merancang sekuens vaksin. Multiple alignment digunakan untuk melihat similaritas 102 intra-serotype DV. Perwakilan dari tiap serotype DV diambil berdasarkan hasil multiple alignment, tingkat insedensi, dan letak geografis penemuan DV. Epitope ditentukan melalui server MULTIPRED dengan dua metode algoritma. Tiga epitope dari masing-masing metode algoritma, disubsitusi ke dalam backbone DV2 sehingga didapatkan dua rancangan sekuens vaksin dengue (vaksin A dan vaksin H). Rancangan sekuens tersebut dicari kesamaan strukturnya melalui server BLAST. Hasil analisis BLAST menghasilkan 91% identitas, 895 bits score, 0.0 E-value untuk vaksin A dan 92% identitas, 890 bit score, 0.0 E-value untuk vaksin H. Berdasarkan hasil analisis BLAST, kedua rancanan vaksin dengue tersebut memiliki struktur dan folding akhir yang serupa dengan backbone DV2."

"Penyakit demam berdarah dengue (DBD) merupakan penyakit yang menjadi problem utama kesehatan masyarakat karena sifatnya yang epidemik di daerah tropis dan subtropis. Penyakit demam berdarah dengue disebabkan oleh virus dengue yang memiliki 4 (empat) serotype yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Untuk mengurangi kasus penyakit demam berdarah dengue, maka perlu dilakukan perancangan vaksin peptida yang bersifat tetravalen. Protein E (envelope) dari keempat serotype DENV digunakan untuk merancang vaksin dengan backbone DENV-2. Epitop T cell diprediksi menggunakan metode algoritma Artificial Neural Network. Epitop T cell highest binder protein E DENV-1, DENV-3, DENV-4 disubsitusikan ke dalam epitop T cell pada sekuens protein E DENV-2 backbone. Rancangan sekuens protein vaksin yang dihasilkan dibandingkan dengan database. Struktur tersier vaksin diprediksi dengan homology modeling menggunakan First Approach Mode dan Optimise Mode. Struktur tersier dibandingan dengan database. Pemilihan host, vektor plasmid, dan enzim restriksi dilakukan untuk membuat rekombinan vaksin peptida melalui perancangan plasmid rekombinan dan analisis modifikasi post translasi. Hasil penelitian in silico didapatkan enam sekuens vaksin yang memiliki 93 % identity. Struktur tersier vaksin peptida memiliki kualitas yang baik, ditunjukkan dengan jumlah residu non glisin pada dissallowed region dari Ramachandran plot sekitar 1,8 % (lebih kecil 15 %). Vaksin peptida ANN1 (1-3-4) dan ANN3 (3-1-4) memiliki similaritas paling tinggi dengan VAST score 64,7 dan nilai RMSD 0,2 Å hasil homology modeling dengan First Approach Mode. Host untuk ekspresi vaksin peptida dengue yang paling sesuai adalah sel serangga. Plasmid rekombinan dihasilkan menggunakan vektor plasmid pBacPAK8 dan enzim restriksi EcoRI dan XhoI. Prediksi modifikasi post translasi pada protein vaksin yang paling memungkinkan adalah N-glikosilasi."

"Demam Berdarah Dengue (DBD) telah menjadi global pandemik dan menjangkiti lebih dari 25% populasi dunia serta menjadi ancaman bagi Asia yang merupakan area endemik untuk DENV (Dengue Virus) 1, 2, 3, dan 4. Penderita di wilayah tersebut dapat terserang penyakit dengue lebih dari satu kali oleh serotipe virus dengue yang berbeda sehingga dibutuhkan langkah yang efektif untuk menanggulangi keempat serotipe sekaligus. Pada penelitian ini dilakukan perancangan vaksin peptida yang bersifat tetravalen dengan backbone protein capsid DENV-2. Perancangan didasarkan atas prediksi epitope terhadap sel T dan sel B pada sistem imun manusia menggunakan server NetMHCIIpan dengan parameter MHC HLA (Human Leukocyte Antigen) kelas II dan mode algoritma Artificial Neural Network (ANN), serta prediksi epitope terhadap sel B yang dilakukan dengan server Immune Epitope Database (IEDB). Enam sekuens vaksin diperoleh atas dasar variasi posisi epitope DENV-1, 3, dan 4 yang menjadi substituen pada backbone DENV-2. Analisa BLASTp menunjukkan bahwa keenam sekuens vaksin ini mempunyai 73 - 75 % identity dengan sekuens protein capsid DENV-2 native sehingga hasil rancangan vaksin tersebut dapat dilakukan prediksi struktur tersier melalui metode homology modeling. Evaluasi struktur tersier vaksin ditinjau dari Ramachandran Plot, jumlah residu yang tumpang tindih, dan VAST. Dari hasil evaluasi, diperoleh dua rancangan vaksin terbaik yaitu Vaksin 3 dan Vaksin 5 dengan persentase residu non glisin pada disallowed region berkisar 7,50 % dan 8,75 %, tidak ada residu yang tumpang tindih, serta score VAST 6,0. Rancangan vaksin tersebut kemungkinan besar memiliki kesamaan fungsional dengan protein capsid DENV-2 native dalam merangsang respon imun tubuh dan memiliki kualitas struktur protein yang baik.

---

Dengue becomes global pandemic in more than 25% of world population. The patient can be infected in more than once by other serotypes because Asia is endemic area for DENV-1, 2, 3, 4. So, we need the effective way to prevent all serotypes. On this research, tetravalent vaccine with capsid DENV-2 protein as the backbone have been designed based on T-cell and B-cell epitope prediction of human immune system. Epitope prediction servers that were used are NetMHCIIpan server and Immune Epitope Database (IEDB) server with HLA class II and Artificial Neural Network (ANN) algorithm mode. Six sequences of vaccine design are obtained, based on variation of DENV-1, 3, 4 epitope position. BLASTp analysis showed that all of vaccine designs have similarity score about 73 - 75 % thus can be predicted through homology modeling. Evaluation of tertiary structures have been seen on Ramachandran Plot, number of residue making clashes, and VAST similarity searching. Based on the result, Vaccine 3 and Vaccine 5 are the best vaccine designs with percentage of non-glycine residue on disallowed region about 7,50 % and 8,75 %, no residue making clashes, and VAST score about 6,0. The vaccine designs have been optimized that have functional similarity with native capsid DENV-2 protein thus can induced the human immune system and have good qualities."

"ABSTRAKPenyakit dengue yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan masyarakat yang dihadapi oleh dunia, terutama negara-negara tropis dan subtropis. Virus dengue (DENV) memiliki empat serotype (DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4) dan DENV-3 merupakan virus dengue yang besar penyebarannya di Indonesia. Untuk mengurangi terjadinya insidensi penyakit dengue, diperlukan suatu tindakan pencegahan dengan cara pengembangan vaksin. Pengembangan vaksin yang dilakukan ialah secara in silico, dengan merancang vaksin dengue virus yang bersifat tetravalent menggunakan protein envelope (E) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope T cell ditentukan melalui server MULTIPRED dengan metode algoritma HMM dan prediksi epitope B cell dilakukan melalui Conformational Epitope Prediction server (CEP). Epitope T cell dari virus dengue serotype 1, 2, dan 4 disubstitusi ke dalam backbone DENV-3 sehingga didapatkan enam rancangan sekuens peptide vaccine dengue (vaksin HMM1-6). Rancangan sekuens tersebut dicari kesamaan strukturnya melalui program BLAST dan menghasilkan 93% identity. Hasil struktur tiga dimensi protein dari homology modelling dengan server SwissModel, baik First Approach Mode maupun Optimise Mode, kualitasnya sudah baik karena plot residu non glisin yang ada pada disallowed region jumlahnya lebih kecil dari 15% jumlah seluruh residu protein. Vaksin HMM4 (2-4-1) dan vaksin HMM6 (4-2-1) merupakan struktur vaksin yang memiliki similaritas struktur paling besar dengan nilai score-nya 64.5, hasil pembandingan struktur dengan program VAST. Sehingga dapat dikatakan vaksin HMM4 dan vaksin HMM6 adalah rancangan vaksin paling baik, didasarkan similaritasnya dengan struktur protein E DENV-3 native. "

"Penyakit dengue merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus dengue dengan empat serotipenya yaitu DENV-1, 2, 3, dan 4. Untuk mengurangi terjadinya penyakit dengue dari keempat serotipe yang ada, maka perlu dirancang vaksin peptida yang bersifat tetravalen dan mencegah infeksi semua serotipe dengue menggunakan protein E (envelope) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope sel T protein E DENV1-4 menggunakan server MULTIPRED dengan HLA kelas II DR dan algoritma Hidden Markov Model (HMM), dan prediksi epitope sel B protein E DENV-3 menggunakan Conformational Epitope Prediction (CEP) server. Perancangan vaksin dilakukan dengan mensubstitusikan epitope sel T highest binders protein E DENV-1,2, dan 4 ke dalam epitope sel T non binders backbone protein E DENV-3. Dengan memvariasi posisi epitope pensubstitusi maka diperoleh enam rancangan vaksin peptida dengue yang bersifat tetravalen. Hasil BLASTp menunjukkan keenam rancangan vaksin mempunyai 93% identity dengan protein E DENV-3 native. Struktur tersier vaksin diprediksi melalui homology modeling. Dari hasil analisis struktur tersier diperoleh empat rancangan vaksin yang terbaik, yaitu HMM1-2-4, HMM1-4-2, HMM2-1-4, dan HMM4-1-2 dengan persentase residu non glisin pada disallowed region berkisar 2% dan score VAST 61,5. Prediksi sistem ekspresi protein menghasilkan sel serangga sebagai host yang sesuai untuk mengekspresikan keempat vaksin tersebut. Rancangan DNA rekombinan menggunakan plasmid pBlueBac4.5 sebagai vektor transfer baculovirus dan insersi sekuens DNA vaksin menggunakan enzim restriksi BamH1 dan EcoR1. Prediksi modifikasi post translation menunjukkan hanya modifikasi N-glikosilasi yang paling mungkin terjadi terhadap protein vaksin dalam sel serangga."

"[ABSTRAKPendahuluan: Infeksi dengue merupakan salah satu penyakit endemik di daerah tropis dan subtropis yang disebabkan oleh virus dengue (DENV). Hingga saat ini belum ada antiviral yang efektif untuk infeksi dengue. Penyebaran dan sirkulasi serotipe DENV berfariasi di setiap lokasi geografi, hal ini menyulitkan dalam melakukan evaluasi vaksin DENV. Oleh karena itu perlu dikembangkan kandidat vaksin DENV menggunakan strain Indonesia supaya dapat memberikan proteksi maksimal. Pada peneltian ini dikembangkan kandidat vaksin DNA tetravalen DENV berbasis gen prM-E DENV strain Indonesia.Metode: Konstruksi plasmid rekombinan kandidat vaksi dilakukan dengan cara menyisipkan gen prM-E setiap serotipe DENV ke dalam vektor pUMVC4a. Gen prM-E DENV merupakan strain Indonesia, yang diamplifikasi dari serum pasien yang terinfeksi dengan virus ini. Kemampuan plasmid rekombinan mengekspresikan protein prM-E DENV diuji di sel mamalia. Kemampuan kandidat vaksin menginduksi respon imun humoral dievaluasi secara monovalen dan tetravalen di mencit jenis ddY. Titer IgG anti dengue diperiksa menggunakan teknik ELISA, sedangkan titer antibodi netralisasi di tentukan dengan uji FRNT. Proteksi vaksin terhadap mencit yang diimunisasi dievaluasi dengan melakukan uji tantang menggunakan sel K562 yang diinfeksi DENV-2. Viremi virus di tentukan dengan menggunakan teknik foccus assay.Hasil: Konstruksi plasmid rekombinan kandidat vaksin DENV-1 dan DENV-3 sudah berhasil dilakukan. Plasmid dapat mengekspresikan protein prM-E DENV di sel mamalia, namun karakteristik dan kinetik protein masih belum dapat diketahui dengan jelas. Keempat kandidat vaksin DNA yang sedang dikembangkan dapat menginduksi respon imun, baik secara monovalen maupun tetravalen. Imunisasi secara tetravalen dapat memberikan proteksi pada mencit yang diuji tantang dengan sel K562 yang diinfeksi dengan DENV-2.;

---

ABSTRACTIntroduction: Dengue infections are caused by dengue viruses (DENV) and are endemic in tropical and subtropical regions. At present, there is no effective antiviral treatment for dengue infection. Distribution and circulation of DENV serotypes varies by geographic location, it is difficult to evaluate DENV vaccine. Therefore, it is necessary to develop a vaccine candidate DENV using Indonesian strains in order to provide maximum protection. However, in this study, we constructed a recombinant plasmid-based prM-E gene from the Indonesia strain as a DENV DNA vaccine candidate.Methode: The recombinant plasmid was prepared by inserting the prM-E gene from each DENV serotypes into the plasmid backbone pUMVC4a. prM-E gene an Indonesia strain, which was amplified from patient sera infected with DENV. The ability of the recombinant plasmid expressing the prM-E DENV protein tested in mammalian cells. The ability of candidate vaccines induce humoral immune responses were evaluated monovalent and tetravalent in ddY mice. IgG titers of anti-dengue examined using ELISA technique, while neutralizing antibody titers determined with FRNT test. Vaccine protection against the immunized mice was evaluated by conducting challenge test using K562 cells infected by DENV-2. Viremia was determined by using the foccus assay.Result: Construction of recombinant plasmid vaccine candidate DENV-1 and DENV-3 was successfully performed. Plasmids can express prM-E DENV proteins in mammalian cells, but the characteristics and kinetics of protein still can not clearly known. Fourth DNA vaccine candidate that is being developed to induce an immune response, either monovalent or tetravalent. Tetravalent immunization may provide protection in mice challenged tested with K562 cells infected with DENV-2.;Introduction: Dengue infections are caused by dengue viruses (DENV) and are endemic in tropical and subtropical regions. At present, there is no effective antiviral treatment for dengue infection. Distribution and circulation of DENV serotypes varies by geographic location, it is difficult to evaluate DENV vaccine. Therefore, it is necessary to develop a vaccine candidate DENV using Indonesian strains in order to provide maximum protection. However, in this study, we constructed a recombinant plasmid-based prM-E gene from the Indonesia strain as a DENV DNA vaccine candidate.Methode: The recombinant plasmid was prepared by inserting the prM-E gene from each DENV serotypes into the plasmid backbone pUMVC4a. prM-E gene an Indonesia strain, which was amplified from patient sera infected with DENV. The ability of the recombinant plasmid expressing the prM-E DENV protein tested in mammalian cells. The ability of candidate vaccines induce humoral immune responses were evaluated monovalent and tetravalent in ddY mice. IgG titers of anti-dengue examined using ELISA technique, while neutralizing antibody titers determined with FRNT test. Vaccine protection against the immunized mice was evaluated by conducting challenge test using K562 cells infected by DENV-2. Viremia was determined by using the foccus assay.Result: Construction of recombinant plasmid vaccine candidate DENV-1 and DENV-3 was successfully performed. Plasmids can express prM-E DENV proteins in mammalian cells, but the characteristics and kinetics of protein still can not clearly known. Fourth DNA vaccine candidate that is being developed to induce an immune response, either monovalent or tetravalent. Tetravalent immunization may provide protection in mice challenged tested with K562 cells infected with DENV-2., Introduction: Dengue infections are caused by dengue viruses (DENV) and are endemic in tropical and subtropical regions. At present, there is no effective antiviral treatment for dengue infection. Distribution and circulation of DENV serotypes varies by geographic location, it is difficult to evaluate DENV vaccine. Therefore, it is necessary to develop a vaccine candidate DENV using Indonesian strains in order to provide maximum protection. However, in this study, we constructed a recombinant plasmid-based prM-E gene from the Indonesia strain as a DENV DNA vaccine candidate.Methode: The recombinant plasmid was prepared by inserting the prM-E gene from each DENV serotypes into the plasmid backbone pUMVC4a. prM-E gene an Indonesia strain, which was amplified from patient sera infected with DENV. The ability of the recombinant plasmid expressing the prM-E DENV protein tested in mammalian cells. The ability of candidate vaccines induce humoral immune responses were evaluated monovalent and tetravalent in ddY mice. IgG titers of anti-dengue examined using ELISA technique, while neutralizing antibody titers determined with FRNT test. Vaccine protection against the immunized mice was evaluated by conducting challenge test using K562 cells infected by DENV-2. Viremia was determined by using the foccus assay.Result: Construction of recombinant plasmid vaccine candidate DENV-1 and DENV-3 was successfully performed. Plasmids can express prM-E DENV proteins in mammalian cells, but the characteristics and kinetics of protein still can not clearly known. Fourth DNA vaccine candidate that is being developed to induce an immune response, either monovalent or tetravalent. Tetravalent immunization may provide protection in mice challenged tested with K562 cells infected with DENV-2.]"

"Molecular biology is advancing through the protein - protein interaction studies. Its wet experiment has generated a massive amount of data. Bioinformatics was set up for converting those data into useful information. Protein - protein interaction wet experiment was a long and expensive labors. Bioinformatics are here to remedy those labors. Online experiments in protein - protein interaction database are possible.. The available databases are InterPare, ClusPro and PROTORP. InterPare is an open and public database server for protein interaction interface information. ClusPro is an algoritm for filtering docked protein conformations, and rank them. PROTORP is a database that can be used to calculate a series of physical and chemical parameters of the protein interaction sites that contribute to the binding energy of the association. The online databases are useful tools for aiding the wet laboratory protein - protein interaction experiment."