Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Abstrak Protein memiliki sifat yang dapat digunakan sebagai biosensor untuk kebutuhan diagnostik. Protein glukosa dehidrogenase tipe B (GDH-B) merupakan enzim yang larut dalam air, sehingga mudah digunakan sebagai biosensor dan memberikan hasil yang akurat. Untuk itu, diperlukan pengembangan sistem produksi massal yang efisien dan berbiaya rendah. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengekspresikan gen penyandi pirrolokuinolin kuinon glukosa dehidrogenase (PQQGDH-B) Acinetobacter calcoaceticus ke dalam Escherichia coli. Untuk mengekspresikan gen ini, digunakan inducer IPTG yang berperan seperti laktosa pada lac operon. Enzim rekombinan PQQGDH-B merupakan enzim intraselular, sehingga diperlukan pemecahan sel bakteri yang kemudian diambil supernatan untuk dipisahkan menggunakan kolom terbuka dengan matriks DEAE-Sepharose dan CM-Sepharose. Hasil elusi kolom diidentifikasi kandungan proteinnya menggunakan sodium dodesilsulfat elektroforesis gel poliakrilamid (SDS PAGE). Protein glukosa dehidrogenase muncul pada gel dari elusi matriks CM-Sepharose sebesar 52,7 kDa. Kata kunci: kolom CM-Sepharose; PQQGDH-B; SDS PAGE."

"ABSTRAKNANA liase adalah enzim yang mengkatalisis proses reversibel Nacetyl neuraminic acid (NeuSAc) atau asam sialat menjadi N-acetyl mannosamin (ManNAc) dan piruvat. Enzim NANA liase dihasilkan oleh bakteri patogen dan non patogen, antara lain dari Clostridium perfringens,Escherichla coii dan HaemophHus inHuenzae. Untuk mendapatkan enzim NANA liase dalam jumlah yang besar perlu dilakukan studi tentang rekayasa genetika. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan kloning teitiadap gen nanA dari Lactobacilius plantarum. Tujuan jangka panjang dari penelitian sebelumnya adalah rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA. Rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA dibutuhkan sedikitnya dua gen yang berbeda. Oleh karenanya dibutuhkan gen lain, sebagai pasangan dari gen nanA-Lplantarum. Penelitian ini terfokus untuk mengkonstruksi vektor gen penyandi enzim NANA liase dari bakteri Escherichla coli. Gen nanA dari E.co//dipilihsebagai pasangan gen nanA-Lplantarum karena gen nanA dari E.coli telah terkarakterisasi dengan baik. Penelitian ini menggunakan metode Isolasi DNA dengan CTAB, amplifikasi PGR dan teknik kloning. Isolasi DNA dengan CTAB dilakukan untuk mendapatkan DNA dari E.coli. Teknik PGR dilakukan untuk mengamplifikasi gen yang menyandi enzim NANA liase, dimanamenggunakan primer forward yang memiliki situs pemotongan terha(;lap EcoRI dan primer reverse yang memiliki situs pemotongan terhadap Hindlli Sedangkan teknik kloning, yang terdiri dari ligasi, transformasi dan seleksi bertujuan untuk mendapatkan vektor ekspresi yang tersisipi gen penyandi enzim NANA liase. Teknik amplifikasi PGR yang dilakukan berhasil mengampiifikasi gen penyandi enzim NANA liase, nan A (0,9 kb) yang memiliki situs pemotongan EcoRI dan HindWl Gen yang didapat disisipkan ke dalam vektor ekspresi pTrcSSA (4,1 kb), selanjutnya ditransformasi ke dalam E.coli DH5a dan menghasilkan 35 transforman. Transfonman yang dihasilkan diambil 7 koloni untuk dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa, dantemyata terdapat tiga koloni yang tersisipi pTrc99A-nani E.coii (E/H) (5,0 kb). Selanjutnya dari tiga koloni tersebut diambil satu koloni dan diuji kembalidengan teknik PGR. Pada penelitian ini dilakukan uji sekuen yang bertujuan untuk memastikan tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Sekuen gen yang didapat telah dikonfirmasi dan ternyata tidak berbeda dengan sekuengen yang dipublikasikan. Hal ini membuktikan bahwa tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Vektor yang dihasilkan dapat digunakan untuk eksperimen berikutnya yaitu (a) produksi enzim rekombinan NANA liase, dan (b) sebagai pasangan gen nanA dari LactobaciHus plantarum untuk rekayasa protein dengan mutasi segmen DNA."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3.

---

Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3."

"Gen sintetik anti-TfR-scFv telah dikonstruksi untuk mengkode protein rekombinan anti-TfR-scFv. Protein rekombinan tersebut dirancang untuk menghambat ikatan antara molekul transferin dengan reseptor transferin (TfR). Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) digunakan dalam penelitian sebagai reporter gene untuk mengetahui ekspresi gen anti-TfR-scFv. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv-egfp ke dalam vektor ekspresi pPICZα A pada Escherichia coli (E. coli) TOP10F’. Gen anti-TfR-scFv yang berada di dalam pJ-TfR-scFv diamplifikasi menggunakan teknik PCR. Fragmen gen anti-TfR-scFv yang berukuran 747 bp kemudian diligasi pada situs restriksi EcoRI pada vektor ekspresi pPICZα A dan ditransformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi pertama (pPICZα_TfR). Gen egfp yang berukuran 753 bp diligasi dengan vektor rekombinan pPICZα_TfR dan ditranformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi kedua (pPICZα_TfR_EGFP). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan baik pPICZα_TfR maupun pPICZα_TfR_EGFP telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan efisiensi transformasi 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg plasmid DNA pada medium LSLB yang mengandung 25 μg/ml antibiotik zeocin. Hasil verifikasi menggunakan PCR, digesti, dan sekuensing menunjukkan bahwa gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv- egfp berhasil disubkloning ke dalam vektor ekspresi pPICZα A.

---

The anti-TfR-scFv synthetic gene is a gene encoding single chain variable fragment that prevents the bond between transferrin receptor (TfR) and transferrin molecule. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used in this study as reporter gene for monitoring expression of anti-TfR-scFv gene. The study was aimed to subclone anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene into pPICZα A expression vector on E. coli TOP10F’. The anti-TfR-scFv synthetic gene had been cloned previously in the cloning vector pJ-TfR-scFv and was amplified by PCR technique. Furthermore, the 747 bp fragment of anti-TfR- scFv synthetic gene was ligated into EcoRI restriction site in pPICZα A expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain type I recombinant vector named pPICZα_TfR. The 753 bp fragment of egfp gene was ligated to recombinant vector pPICZα_TfR in order to obtain type II recombinant vector named pPICZα_TfR_EGFP. The results showed that both of recombinant vectors pPICZα_TfR and pPICZα_TfR_EGFP were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with efficiency of transformation 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg DNA plasmid in LSLB medium containing 25 μg/ml zeocin. The results of verification by PCR method, digestion, and sequencing showed that anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene were successfully subcloned into pPICZα A expression vector."

"Gen CalBsyn telah dikonstruksi untuk mengkode Candida antarctica lipase B (CalB). Enzim tersebut memiliki peranan penting sebagai biokatalis yang efektif di bidang bioteknologi dan industri. Sekuens gen CalBsyn telah dimodifikasi dengan menambahkan mutasi pada tiga asam amino untuk meningkatkan termostabilitas enzim tersebut. Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) telah digunakan sebagai reporter gene untuk memvisualisasikan ekspresi gen CalBsyn. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen CalBsyn dan fusi gen CalBsyn-egfp ke dalam vektor ekspresi pGAPZα pada Escherichia coli TOP10F’. Gen CalBsyn telah diisolasi dari vektor pJ912-CalBsyn dengan teknik digesti menggunakan enzim restriksi XhoI. Fragmen gen CalBsyn yang berukuran 1136 bp kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGAPZα dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα- CalBsyn. Fragmen gen egfp yang berukuran 750 bp telah diisolasi dari vektor pTZ-egfp menggunakan teknik PCR, kemudian diligasikan ke dalam vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn-egfp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan pGAPZα- CalBsyn-egfp telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan nilai efisiensi transformasi sebesar 4,11 x 103 cfu/μg DNA plasmid dan 3,10 x 104 cfu/μg DNA plasmid di dalam medium seleksi mengandung zeocin [25 μg/ml].

---

The CalBsyn gene was constructed to encode Candida antarctica lipase B (CalB). The enzyme has important role as the effective biocatalyst in biotechnology and industrial fields. The sequence of CalBsyn gene has been modified by mutation at three amino acids to improve thermostability of the enzyme. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used as reporter gene to visualize the expression of the CalBsyn gene. This research was aimed to subclone both CalBsyn gene and CalBsyn-egfp fusion gene into pGAPZα expression vector on Escherichia coli TOP10F’. The CalBsyn gene was isolated from pJ912-CalBsyn vector by digestion using XhoI restriction enzyme. The 1136 bp fragment of CalBsyn gene then was ligated to pGAPZα expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain recombinant vector pGAPZα-CalBsyn. The 750 bp fragment of egfp gene that was isolated from pTZ-egfp vector using PCR technique was ligated to recombinant vector pGAPZα-CalBsyn and transformed into E. coli TOP10F’ to obtain pGAPZα-CalBsyn-egfp recombinant vector. The result showed that both recombinant vectors pGAPZα-CalBsyn and pGAPZα- CalBsyn-egfp were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with transformation efficiency values 4,11 x 103 cfu/μg plasmid DNA and 3,10 x 104 cfu/μg plasmid DNA respectively in the selection medium containing zeocin [25 μg/ml]."