Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKSalah-satu variasi DNA mitokondria manusia adalah delesi 9-pasangan basa (del 9-pb) daerah intergenik COII/tRNA LYS. Del 9-pb merupakan salah satu penanda genetik yang dapat digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian del 9-pb antarpopulasi suku-suku di Indonesia belum pernah dilakukan. Secara antropologi, suku Batak dan suku Toraja memiliki nenek moyang Proto Melayu, sedangkan suku Jawa memiliki nenek moyang Deutero Melayu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai persentase del 9-pb pada populasi suku Batak, suku Toraja, dan suku Jawa agar didapatkan informasi genetik untuk mempelajari hubungan kekerabatan antara ketiga suku tersebut. Metode yang digunakan adalah metode amplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis pada gel agarosa 5% dengan pewarnaan etidium bromida. Hasil pengamatan persentase del 9-pb ketiga suku tersebut adalah: suku Batak 19,84% dengan menggunakan 126 sampel, suku Toraja 32,77% dengan 119 sampel, dan suku Jawa 25,47% dengan 106 sampel. Nilai persentase del 9-pb meningkat bila urutan populasi adalah sebagai berikut: suku Batak—suku Jawa—suku Toraja."

"Barisan DNA dapat diartikan sebagai permutasi dari empat kode basa DNA yaitu A, T, G, dan C. Pada hasil sekuensing DNA, kadang kala ada basa DNA yang sulit terbaca dengan jelas apakah A, T, G, atau C. Untuk mengatasi masalah ini, maka diberikan kode-kode lain yang merupakan probabilitas munculnya A, T, G, atau C pada setiap kode basa DNA. Sehingga secara keseluruhan terdapat kode basa DNA yang dapat dibentuk dari kode A, T, G, dan C. Enam belas kode basa DNA yang telah terbentuk dapat dinyatakan dalam quaternion berbentuk. Dengan menggunakan perkalian titik antara keenambelas kode basa DNA tersebut, diperoleh matriks skoring. Matriks skoring dibutuhkan pada pensejajaran barisan DNA untuk memberikan skor kecocokan atau ketidakcocokan antara dua kode basa DNA. Algoritma pensejajaran barisan DNA yang diimplementasikan pada penelitian ini adalah Algoritma Needleman-Wunsch untuk pensejajaran global dan Algoritma Smith-Waterman untuk pensejajaran lokal, algoritma ini diimplementasikan menggunakan bahasa pemrograman berbasis open source (Octave). Kemudian program pensejajaran yang telah dibuat diaplikasikan untuk mensejajarkan barisan DNA dari bakteri Streptococcus pneumoniae yang diambil dari pangkalan data gen (GeneBank) dengan barisan DNA hasil sekuensing dari bakteri yang diduga Streptococcus pneumoniae. Dari hasil pensejajaran, diketahui bahwa kedua barisan mempunyai kemiripan yang maksimal.

---

DNA sequence can be defined as a permutation of four DNA base codes: A, T, G, and C. From the result of DNA sequencing, sometime there were dificulties to determine whether the DNA base code of A, T, G, or C. the Probability of other DNA base codes were given to solve this umbigue of DNA sequence reading with form of DNA base code which can be obtained from base code of A, T, G, and C. Sixteen of DNA base code can be represented with a quaternion form: . The scoring matrix was obtained from those sixteen of DNA base code using a dot product method. This scoring matrix can be applied in the DNA aligmnent for match and mismatch between two DNA base code.

In this study, we applied the Needleman-Wunsch Algorithm for gobal alignment and Smith-Waterman Algorithm for local aligment using the Octave, an open soucre program. The alignment program used for DNA sequences alignment from Streptococcus pneumoniae obtained from the GeneBank and the DNA sequence obtained from sequensing result and suspected as Streptococcus pneumoniae. From this alignment, we found that two DNA sequences have maximum similarity."

"Untuk mengetahui nilai persentasi delegasi 9-pasangan basa (del 9-pb) dan motif Polinesia pada DNA mitokondria populasi suku bugis , kaili Makassar, dan Minahasa telah dilakukan suatu penelitian deskriptif kuantitatif. Metode yang digunakan adalah amplikasi dengan PCR (Polumerase chain reaction), elektroforensis pada gel agrosa, serta pembacaan urutan basa (dideoxy sequencing). DNA diektrasi dari 230 sampel darah (Bugis 38 Sample, Kaili 106 sampel, Makkasar 42 sample, dan Minahassa 44 sampel). Del 9-pb ditemukan pada keempat populasi yang diamati dengan persentasi dalam urutan yang menurun sebagai berikut: Makkasar 26,19%, Kaili 24,53% Bugis 23,68%, dan Minahassa 13,64%. Pembacaan urutan basa 52 sampel yang memiliki del-9pb pada sample DNA di atas menujukan 5 haplotipe bila hanya diamati posisi 16217, 16247,16261 yaitu haplotipe Cac (36,54%), tac (23,08%), CaT (23,08%), taT (9,61%) dan CGT (7,69%). Motif Polinesia (del 9-pb dengan haplotipe CGT) ditemukan pada populasi suku Kaili (11,54%) dan Minahasa (16,67%).Hasil penelitian mendukung data arkeologi dan antropologi yang menyatakan bahwa nenek moyang sebagian penduduk Indonesia berasa dari dataran Asia Selatan yang bermigrasi dalam gelombang besar."

"Delesi 9-pasangan basa (pb) pada daerah intergen COII-tRNALys DNA mitokondria merupakan penanda genetik spesifik untuk populasi Asia. Delesi 9-pb pada populasi Pasifik sering ditemukan bersama tiga transisi basa pada Displacement loop (D-loop) yang disebut motif Polinesia. Penelitian dilakukan di Lembaga Biologi Molekular Eijkman dan bertujuan untuk mengetahui frekuensi delesi 9-pb pada 19 populasi dari Pulau Nias, Sumba, dan Flores. Melalui kombinasi data delesi 9-pb dan motif Polinesia diharapkan diperoleh informasi tentang migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia. Metode yang digunakan adalah isolasi DNA genom, pengukuran konsentrasi DNA, amplifikasi DNA dengan polymerase chain reaction (PCR), elektroforesis pada gel agarosa 3% (b/v), dan sequencing. Frekuensi delesi 9-pb yang diperoleh pada populasi Nias 28,8%; populasi di Pulau Sumba 11,3--36,8%; dan populasi di Pulau Flores 6,3--25,9%. Motif Polinesia tidak terdapat pada populasi Nias, tetapi terdapat pada populasi di Pulau Sumba dan Flores. Varian leluhur motif Polinesia (varian Cac dan CaT) terdapat pada populasi di Pulau Nias, Sumba, dan Flores. Delesi 9-pb pada populasi Indonesia terdistribusi secara acak, sehingga tidak dapat digunakan dalam menjelaskan migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia. Perlu dilakukan penelitian dengan penanda genetik lain, seperti analisis filogenetik menggunakan sekuens D-loop untuk memperoleh informasi mengenai proses migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia."

"Salah satu variasi DNA mitokondria manusia adáiidelesi 9 pasangan basa (pb) pada salah satu dari dua salman perulangan 9-pb daerah intergenik sitokrom oksidase subunit 2 dan tRNA lisin. Delesi 9-pb ml banyak dipakai sebagai penanda genetik untuk mempelajani hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian ml bertujuan untuk mengetahui nhlai persentase delesi 9-pb pada populasi suku Dayak, Tengger dan Bali. Selain itu juga ingin diketahui basa-basa yang membentuk insersi di daerah sekitar delesi 9-pb pada beberapa sampel dari ketiga suku tersebut ditambah sampel dan suku Jawa, Batak, Toraja dan Kaili. Metode yang digunakan untuk deteksi delesi 9-pb adalah metode polymerase chain reaction dan elektroforesis pada gel agarosa 5%. Untuk pengamatan insersi dilakukan pembacaan urutan basa (sequencing) berdasarkan metode dideoksi dan elektroforesis pada gel poliakrilamida 6%. Persentase delesi 9-pb ketiga suku tersebut adalah suku Dayak 35,35% dari 99 sampel, suku Tenggen 29,03% dari 93 sampel dan suku Bali 24,69% dari 81 sampel. Bentuk insersi yang ditemukan pada 13 sampel dari suku Tengger, Jawa, Kaili, Batak dan Toraja yang diteliti mempenlihatkan adanya penambahan 2 basa sitosin, 3 basa sitosin, 4 basa sitosin dan 5 basa sitosin pada salah satu dari dua salman perulangan 9 pasangan basa."

"Latar Belakang: Metode identifikasi pola sidik bibir adalah bagian dari identifikasi forensik, dan dapat digunakan untuk identifikasi suku. Tujuan: Menganalisis hubungan antara pola sidik bibir dengan sidik jari antara Suku Jawa dan Suku Batak, serta mengetahui apakah terdapat perbedaan variasi pola sidik bibir dan sidik jari pada kedua suku tersebut. Metode: Pola sidik bibir dan sidik jari diambil dari 50 individu bersuku Jawa dan 50 individu bersuku Batak. Hasil: Terdapat perbedaan signifikan (p<0,05) pada pola sidik bibir dari keempat kuadran antara kedua suku, dengan pola menyilang lebih sering pada suku Batak dan pola retikuler dan bercabang lebih sering pada suku Jawa. Pola sidik jari antara Suku Batak dan Jawa tidak terdapat perbedaan yang signifikan (p>0,05). Kesimpulan: Pola sidik bibir bisa dijadikan indikator identifikasi Suku Jawa dan Suku Batak.

---

Background: Lip print identification is a part of forensic identification, which can be used to determine ethnics. Goal: To analyze the relationship of lip prints and fingerprints between the Javanese and Bataknese population and to find any differences on lip or fingerprint patterns between the two ethnics. Methods: Lip prints and fingerprints were taken from 50 Javanese and 50 Bataknese population. Result: There was a significant (p<0.05) difference in lip prints at all four quadrants between both ethnics, with intersected pattern more frequent in Bataknese and both reticular and branched patterns are more common in Javanese. The relationship between fingerprints with ethnic differences was not found significant (p<0.05). Summary: Lip print can be used as a tool to identify between Javanese and Bataknese"

"Pengenceran bertingkat dilakukan terhadap sampel semen. Pengenceran dilakukan dengan mencampurkan semen dengan dH2O dengan persentase 100%, 10%; 1%; 0,1% 0,01%; dan 0,001%. Setiap tingkat pengenceran diteteskan ke kertas saring dan cotton swab sebanyak 10 µl untuk dijadikan noda semen. Uji Acid Phosphatase (AP) dilakukan di setiap tingkat pengenceran. Hasil positif terakhir uji AP didapatkan pada konsentrasi sampel noda semen 0,1%. Ekstraksi DNA sampel node semen dengan variasi konsentrasi 0,001--10% dilakukan dengan metode ekstraksi chelex 20%. Hasil ekstraksi DNA sampel noda semen dikuanntifikasi dengan RT-PCR. Kuantifikasi DNA menggunakan Quantifiler Human DNA Quantification kit. Konsentrasi minimum noda semen didapatkan dengan menghitung hasil kuantifikasi DNA menggunakan pendekatan regresi linear. Konsentrasi minimum noda semen untuk menghasilkan 1 ng DNA bernilai 38%.

---

The influence of semen stain concentrations on DNA quantities observed at 5 dilution rate. Semen was diluted on dH2O to obtain 100%, 10%, 1%, 0.1%, 0.01%, and 0.001% semen concentrations. 10 µl of semen solutions were then drops on top of whatman paper and cotton swab to attain semen stains sample. Acid phosphatase screening test show positive result can be observed up to 0.1% semen concentrations. DNA extraction on semen stain samples performed by chelex 20% methods. Extracted DNA were then quantified by RT-PCR. The quantification processes do by utilizing Quantifiler Human DNA Quantification kit. Minimum concentrations of semen stains needed to attain optimum DNA quantities analyzed by calculating the linear fit regression of semen concentrations vs. DNA quantities curve. The result shows minimum semen stain concentration to produce 1 ng/µl DNA was 38%."

"Latar Belakang: Masaoka menyatakan bahwa dalam satu tahun kesintasan timoma mulai menurun.4 Banyak faktor yang berhubungan dengan kesintasan.6,7,8 Penelitian ini bertujuan mencari kesintasan satu tahun pasien timoma yang dibedah serta untuk mengetahui karakteristik pasien, timoma, tindakan dan faktor-faktor yang berhubungan. Metode: Populasi penelitian adalah seluruh pasien timoma yang dibedah di RSUP Persahabatan pada bulan Januari 2012-September 2016 dengan total subjek penelitian 46. Pasien yang dilakukan pembedahan komplit dan inkomplit dilihat status kematiannya selama satu tahun melalui rekam medis atau informasi dari pasien atau keluarga. Data karakteristik pasien, timoma, dan tindakan diperoleh dari rekam medis. Kesintasan diolah dengan analisis kesintasan. Faktor-faktor yang berhubungan dengan kesintasan akan dianalisis dengan cox regression dan cox regression time independen. Karakteristik pasien, timoma, dan tindakan diolah dengan uji nonparametrik dan uji parametrik. Hasil: Tidak ada mortalitas dalam satu tahun. Rerata usia pasien timoma: 47,37 13,493 tahun dan didominasi oleh perempuan. Dari 46 pasien, 87 pasien ada gejala, 71,7 disertai myasthenia gravis, 54,3 di-TTNA, 71,7 direseksi komplit. Timoma tipe A 43,5 dan stadium I 52,2 adalah yang terbanyak. Rerata ukuran timoma adalah delapan 2-15 cm. Hanya satu pasien stadium IVB yang diterapi neoadjuvant. Terapi adjuvant terbanyak adalah radioterapi 19,6 . Semua pasien timoma dengan myasthenic reaction positif dilakukan terapi myasthenia gravis prabedah dan pascabedah. Kesimpulan: Pada penelitian ini didapatkan kesintasan satu tahun adalah 100 . Perlu penelitian lebih lanjut dengan sampel yang lebih besar dan jangka waktu yang lebih lama untuk menilai faktor usia, myasthenia gravis, histopatologi, stadium, ukuran timoma, reseksi pembedahan, dan terapi adjuvant sebagai faktor yang berhubungan dengan kesintasan. Kata kunci : timoma; kesintasan

---

One Year Survival of The Patients with Resected Thymoma and Associated Factors Abstract Backgrounds According to Masaoka, one year survival rate of thymoma has decrease. 4 There are a lot of factors that related to the survival rate.6,7,8 The purpose of this study was to analyze one year survival rate of patient with resected thymoma and to analyze the characteristic of the patient, the characteristic of thymoma, the characteristic of therapy and the associated factors of the survival. Methods The population were all patients with resected thymoma from Januari 2012 until September 2016 at Persahabatan General Hospital. All of subjects are 46. Mortality patients data with complete and incomplete resection during one year were took from medical records or patient or family information. Characteristic of patients, thymoma, and therapy were took from medical records. The survival was analyzed with survival analysis design. Survival related factor were analyzed with cox regression and cox regression time independent. Characteristic of patients, timoma, and therapy were analyzed with nonparametric and parametric tests. Results No mortality was found at one year survival. The means age was 47,37 13,493 years, and dominated by woman. Overall, 87 with symptoms, 71,7 with myasthenia gravis, 54,3 with TTNA, 71,7 with complete resection. Type A tymoma 43,5 with 52,2 stage I. The median size was eight 2 15 cm. Only one patient with stage IVB had neoadjuvant therapy. The most adjuvant therapy was radiotherapy 19,6 . All thymoma patients with myasthenia gravis got therapy for myasthenia gravis before and after surgery. Conclusions One year survival rate of this study was 100 . To evaluate survival related factor age, myasthenia gravis, histopatology, stadium, size, resection, and adjuvant therapy , we need other studies with a lot of samples and longer time survival rate. Keywords thymoma survival"