Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Gen DefH9-iaaM merupakan gen pengkode senyawa prekursor pembentukan auksin. Kandungan auksin yang tinggi menginduksi pembentukan buah partenokarpi, tanpa melalui polinasi dan fertilisasi. Tiga galur tanaman tomat transgenik yang membawa insersi dan mengekspresikan gen DefH9-iaaM, yaitu OvR1#14-4, OvM2#10-1, dan OvM2#6-2, telah dihasilkan melalui transformasi genetik dengan Agrobacterium oleh kelompok peneliti di BB-BIOGEN. Penelitian bertujuan menguji stabilitas insersi dan mengetahui ekspresi gen DefH9-iaaM pada tanaman T3 dari ketiga galur tersebut. Uji stabilitas gen dilakukan dengan metode PCR menggunakan primer spesifik IAAM 5 dan IAAM 3. Kedua primer tersebut menghasilkan fragmen gen iaaM sebesar ± 148 pb. Fragmen DNA produk PCR divisualisasikan menggunakan gel elektroforesis. Hasil uji molekuler dianalisis menggunakan uji chi-square dengan level of significant 0,05. Galur OvR1#14-4 memiliki insersi gen yang telah stabil dengan perbandingan filial transgenik dan non transgenik yang memenuhi perbandingan penyilangan monohibrid Mendel yaitu 3:1. Tanaman dengan hasil uji molekuler positif kemudian ditanam di lapang untuk uji ekspresi fenotipik dan evaluasi daya hasil. Hasil uji fenotipik dianalisis dengan uji ANOVA level of significant 0,05. Ekspresi gen partenokarpi DefH9-iaaM pada tanaman tomat transgenik meningkatkan jumlah tandan sebesar 191--227%, jumlah bunga sebesar 191--310%, dan jumlah buah sebesar 331--426% dibandingkan dengan kontrol Opal, serta menyebabkan terbentuknya buah tomat berbiji sedikit dan tanpa biji. Galur OvR1#14-4 menghasilkan jumlah tandan, jumlah bunga, dan jumlah buah paling tinggi dibandingkan dua galur lain."

"Gen DefH9-iaaM merupakan gen pengkode senyawa prekursorpembentukan auksin. Kandungan auksin yang tinggi menginduksipembentukan buah partenokarpi, tanpa melalui polinasi dan fertilisasi. Tigagalur tanaman tomat transgenik yang membawa insersi danmengekspresikan gen DefH9-iaaM, yaitu OvR1#14-4, OvM2#10-1, danOvM2#6-2, telah dihasilkan melalui transformasi genetik denganAgrobacterium oleh kelompok peneliti di BB-BIOGEN. Penelitian bertujuanmenguji stabilitas insersi dan mengetahui ekspresi gen DefH9-iaaM padatanaman T3 dari ketiga galur tersebut. Uji stabilitas gen dilakukan denganmetode PCR menggunakan primer spesifik IAAM 5 dan IAAM 3. Keduaprimer tersebut menghasilkan fragmen gen iaaM sebesar ± 148 pb. FragmenDNA produk PCR divisualisasikan menggunakan gel elektroforesis. Hasil ujimolekuler dianalisis menggunakan uji chi-square dengan level of significant0,05. Galur OvR1#14-4 memiliki insersi gen yang telah stabil denganperbandingan filial transgenik dan non transgenik yang memenuhiperbandingan penyilangan monohibrid Mendel yaitu 3:1. Tanaman denganhasil uji molekuler positif kemudian ditanam di lapang untuk uji ekspresifenotipik dan evaluasi daya hasil. Hasil uji fenotipik dianalisis dengan ujiANOVA level of significant 0,05. Ekspresi gen partenokarpi DefH9-iaaM padatanaman tomat transgenik meningkatkan jumlah tandan sebesar 191--227%,jumlah bunga sebesar 191--310%, dan jumlah buah sebesar 331--426% dibandingkan dengan kontrol Opal, serta menyebabkan terbentuknya buah tomat berbiji sedikit dan tanpa biji. Galur OvR1#14-4 menghasilkan jumlah tandan, jumlah bunga, dan jumlah buah paling tinggi dibandingkan dua galur lain."

"Pemberian 2,4-D dengan konsentrasi 0, 2, 4, 6, 8 dan 10 ppm pada pucuk dan ketiak daun tanaman tomat bertujuan untuk mengetahui pengaruhnya terhadap pembungaan dan pembuahan tanaman tomat tersebut. Perlakuan diberikan sebanyak 3 kali dengan selang waktu 10 hari. Metode penelitian adalah rancangan acak kelompok, dengan 6 perlakuan dan 5 ulangan. Hasil uji nonparametrik Kruskal-Wallis pada taraf nyata α = 0,05 menunjukkan tidak ada pengaruh nyata dari pemberian 2,4-D terhadap waktu pembungaan, jumlah bunga per tanaman, waktu pembuahan, jumlah buah per tanaman, jumlah biji per buah dan berat basah buah. Secara non statistik, rata-rata waktu pembungaan paling cepat dijumpai pada perlakuan 2 ppm (63,94 hari) dan waktu pembuahan paling cepat dihasilkan oleh kontrol (86,04 hari). Kontrol jugamenghasilkan rata-rata jumlah bunga, buah dan jumlah biji terbanyak (36,47 bunga per tanaman; 3,07 buah per tanaman dan 24,15 biji per tanaman). Rata-rata jumlah bunga paling sedikit terdapat pada perlakuan 8 ppm (20,85 bunga per tanaman) dan jumlah buah paling sedikit terdapat pada penlakuan 4 ppm (1,65 buah per tanaman). Konsentrasi 10 ppm menghasilkan waktu pembuahan paling lambat (100,89 hari); jumlah biji paling sedikit (9,45 biji per buah) dan berat basah buah terendah (11,02 g). Rata-rata berat basah buah tentinggi dihasilkan oleh perlakuan 4 ppm (23,3 g)."

"ABSTRAKUntuk mengetahui pengaruh kolkisin terhadaP hasil per-tananian tomat ( Lycopersicum esculentum (L.) Mill.) varietas Ratna, dilakukan perendanian akar keoambah tanainan tomat berumur 21 hari dalam berbagai konsentrasi kolkisin yaitu 0, 50, 100, 150, 200, dan 250 ppm selaina 3 dan 6 jam. Kecambah tersebut kemudian ditanam dalam kantung piastik polietilen hitain. Rancangan penelitian yang digunakan adalah rancangan acak kelompok. Hasil pengujian nonparametrik Friedman pada taraf nyata a 0,01 inenunjukkàn konsentrasi kolkisin pada perendaman akar kecambah 3 jam tidak berpengaruh terhadap jumlah buah/tanainan, jümlah biji/buah, danberat basah buah. Konsentrasi kolkisin pada perendaman akar kecambah 6 jam berpengaruh pada berat basah buah. Berat basah tertinggi terdapat pada perlakuan kolkisin 50 ppm, yaitu 33,43 g dan terendah terdapat pada kontrol yaitu 22,16 g. Uji perbandingan berganda Newman Keuls terhadap berat basah buah inenunjukkan adanya perbedaan nyata antara perlakuan kolkisin 50 ppm dengan kontrol dan 100 ppm, dan antara 150 ppm dengan 250 ppm."

"ABSTRAK Pada penelitian sebelumnya telah berhasil dilakukan introduksi gencry /B- cry IAa dan cry IB ke dalam genom tanaman padi aromatic Indonesiabeberapa kultivar Rojolele yang berdasarkan hasil bioassay potensialmeningkatkan ketahanan tanaman terhadap hama penggerek batang kuning.Gen cry harus stabil diturunkan kegenerasi berikutnya, oleh karena ituanalisis molekuler perlu dilakukan untuk mendeteksi keberadaan gen cryyang terdapat di dalam genom tanaman pad! transgenik. Pada penelitian ini konfirmasi keberadaan gen cry dilakukan denganuji hasil PCR melalui eiektroforesis gel, sedangkan penentuan jumlah salinangen dilakukan dengan analisis Southern Blot. Berdasarkan elektroforesis gel terhadap hasil PCR menunjukkankelima galur tanaman padi transgenik generasi kedua yang diuji masihmewarisi gen cry IB- cry fAa, atau cry /B. Namun, sejauh ini belum dapatdiketahui jumlah salinan gen yang terdapat pada masing-masing tanaman,sehingga optimasi teknik Southern Blot masih perlu dilakukan."

"ABSTRAKPerlakuan ekstrak daun bayam duri (Amaranthus spinosus L.) dan daun putri malu (Mimosa pudica L.) kadar (1:10); (1:15); (1:20); (1:25); (1:30) bk/v; serta kontrol bertujuan mengetahui pengaruh optimum ekstrak terhadap perkecambahan dan pertumbuhan kecambah benih tomat (Lycopersicon esculentum Mill.) var. Ratna. Percobaan dilakukan di Laboratorium Fisiologi Jurusan Biologi FMIPA UI Depok selama delapan hari, perlakuan di awal percobaan, menggunakan Rancangan Acak Lengkap (6 perlakuan dan 5 ulangan bagi setiap jenis ekstrak). Perlakuan ekstrak daun bayam duri menunjukkan prosentase perkecambahan 99% terdapat pada kontrol dan perlakuan kadar (1:30) bk/v; yang terendah (9%) kadar (1:10) bk/v. Panjang akar kecambah tertinggi (15,8 mm) terdapat pada kontrol; yang terendah (0,3 mm) kadar (1:10) bk/v. Panjang batang kecambah tertinggi (29,74 mm) terdapat pada kontrol; yang terendah (1,3 mm) kadar (1:10) bk/v. Berat basah kecambah tertinggi (18,01 mg) terdapat pada kontrol; yang terendah (6,16 mg) kadar (1:10) bk/v. Berat kering kecambah tertinggi (2,12 mg) terdapat pada perlakuan kadar (1:20) bk/v; yang terendah (2,01 mg) kadar (1:30) bk/v. Perlakuan ekstrak daun putri malu menunjukkan prosentase perkecambahan tertinggi (99%) terdapat pada kontrol dan perlakuan kadar (1:30) bk/v; yang terendah (64%) kadar (1:10) bk/v. Panjang akar kecambah tertinggi (4449 mm) terdapat pada perlakuan kadar (1:30) bk/v; yang terendah (2,23 mm) kadar (1:10) bk/v. Panjang batang kecambah tertinggi (95,15 mm) terdapat pada perlakuan kadar (1:30) bk/v; yang terendah (10,90 mm) kadar (1:10) bk/v. Berat basah kecambah tertinggi (47,25 mg) terdapat pada perlakuan kadar (1:30) bk/v, yang terendah (7,63 mg) kadar (1:10) bk/v. Berat kering kecambah tertinggi (2,20 mg) terdapat pada perlakuan kadar (1:15) bk/v; yang terendah (2,01 mg) terdapat pada kontrol. Uji Kruskal-Wallis menunjukkan ekstrak kedua macam tanaman tersebut berpengaruh terhadap prosentase perkecambahan, panjang akar, panjang batang, serta berat basah kecambah tomat tersebut, namun tidak berpengaruh terhadap berat kering. Uji Perbandingan Berganda menunjukkan pada data prosentase perkecambahan kedua macam ekstrak tersebut tidak terlalu berbeda nyata terhadap kontrol, berbeda nyata pada data panjang akar, panjang batang, dan berat basah kecambah tersebut, namun tidak berbeda nyata pada data berat kering kecambah."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan menganalisis DNA genom118 generasi pertama (T0) dengan metode Southern hybridization dan 549generasi kedua (T1) dengan metode PCR dan uji seleksi pada tanaman padi(Oryza sativa L.) hasil transformasi T-DNA yang mengandung transposonAc/Ds pembawa activation tag, melalui metode infeksi Agrobacteriumtumefaciens L. dengan plasmid pMO22. Penelitian dilakukan di LaboratoriumBiologi Molekuler, Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI, Cibinong selama 10bulan (Agustus 2007--Mei 2008). Analisis Southern hybridizationmenunjukkan 9 dari 46 tanaman T0 mengandung single copy T-DNA.Generasi T1 yang diperoleh dari 9 parental (T0) yaitu sebanyak 549tanaman. Analisis aktivitas transposon Ds pada 161 tanaman T1 dari 5parental T0 dengan PCR eksisi menunjukkan 110 tanaman memiliki aktivitastransposon Ds. Keberadaan transposon Ac/Ds pada genom tanaman T1dideteksi dengan penanda reporter gen gfp, bar, dan hpt. Uji GFP tidakberhasil mendeteksi gen gfp dalam transposon Ds karena ekspresi gentersebut lemah. Uji seleksi basta dan uji higromisin pada 161 tanaman T1dari 5 parental T0 menunjukkan 78 tanaman mutan yang mengandungtransposon Ds stabil (tidak mengandung transposon Ac). Penelitian berhasilmembuktikan sistem transposon Ac/Ds dapat digunakan untuk memperolehpopulasi tanaman padi mutan yang mengandung transposon Ds stabilpembawa activation tag, dengan posisi yang berbeda-beda."

"Setiap varietas tanaman padi memiliki perbedaan tingkatan toleransi terhadap cekaman ferrous ion (Fe²⁺⁾ dan memicu toksisitas Fe dan kerusakan oksidatif pada padi. Perbedaan ketahanan toleransi cekaman Fe disebabkan karena adanya tingkat regulasi ekspresi yang berbeda pada gen OsFER yang dapat ditemukan pada kromosom 11 dan 12. Analisis molekuler dari identifikasi genom hingga profil ekspresi gen OsFER dalam merespons cekaman Fe dan oksidatif dilakukan terhadap beberapa varietas padi. DNA genom dari ke delapan varietas padi (Impari 42, Cupatmangu, Situbagendid, Wayapo, Kangkung, Sigupai, Ciherang dan Sunggal.) diisolasi dan dilakukan amplifikasi PCR menggunakan primer OsFER2. Hasilnya menunjukkan kesamaan 100% karakteristik OsFER pada semua varietas padi yang dipelajari di kromosom 11 (LOC_Os11g01530) dan kromosom 12 (LOC_Os12g01530). Namun, struktur protein lengkap kompleks ferritin hanya ditemukan pada kromosom 12, sedangkan pada kromosom 11 hanya terdapat sebagian area alfa-helix OsFER dengan situs aktif (asam glutamat, tirosin) yang membentu ferooxsidase diiron centre. Analisis ekspresi relatif gen OsFER dilakukan terhadap varietas Kangkung dan Sunggal pada lima kondisi perlakuan cekaman FeSO₄ dan cekaman oksidatif menggunakan H₂O₂ (FeSO₄ 300ppm, FeSO₄ 600ppm, H₂O₂ 30mM, H₂O₂ 60mM, dan kombinasi FeSO₄ 300ppm dan H₂O₂ 30mM) yang diterapkan pada varietas Kangkung (toleran) dan Sunggal (rentan). Perhitungan ekspresi gen relatif menggunkan teknik amplikasi cyclic menggunakan qPCR. Persentase efisiensi gen OsFER Ch.11, OsFER Ch.12 dan GAPDH sebesar 93%, 105% dan 96%. Pada varietas Kankung, rasio ekspresi gen OsFER lebih tinggi secara signifikan pada OsFER Ch. 12 daripada OsFER Ch. 11. Gen OsFER Ch.12 diekspresikan paling tinggi pada kondisi cekaman Fe dengan nilai 1,329 pada FeSO₄ 300ppm dan 1,207 pada FeSO₄ 600ppm. Sebaliknya OsFER Ch. 11  justru di represi dengan nilai 0,717 dan 0,704. Sedangkan pada varietas Sunggal tidak menunjukkan perubahan signifikan pada ekspresi gen baik pada OsFER Ch.11 maupun OsFER Ch.12 dalam kondisi stres. Temuan ini menunjukkan bahwa ekspresi OsFER Ch.12 yang lebih tinggi pada varietas Kangkung berkontribusi terhadap peningkatan toleransi terhadap cekaman Fe²⁺ dibandingkan dengan varietas Sunggal yang lebih rentan. Diferensiasi regulasi  ekspresi gen OsFER memberikan potensi untuk memahami perbedaan mekanisme toleransi di antara varietas padi terhadap cekaman Fe²⁺ dan kerusakan oksidatif.

---

Rice varieties exhibit varying tolerance levels to ferrous ion (Fe²⁺ )stress, which can lead to Fe toxicity and oxidative damage. This differential tolerance is attributed to differences in the regulation of OsFER gene expression. OsFER genes are located on chromosomes 11 and 12 and play a crucial role in iron sequestration and detoxification.This study investigated the molecular basis of OsFER gene from genome identification until the expression profile of OsFER in response to Fe²⁺ stress and oxidative damage in some rice varieties. Genome identification of eight rice varieties (Impari 42, Cupatmangu, Situbagendid, Wayapo, Kangkung, Sigupai, Ciherang dan Sunggal) was done by using PCR and OsFER target gene and continued into sequence analysis. The results show that all rice varieties studied have 100% alignment similarity and OsFER characteristics on chromosome 11 at LOC_Os11g01530 and chromosome 12 at LOC_Os12g01530, which have striking differences. The complex's complete protein structure is found on Ch. 12, while only a portion of alpha-helix is on OsFER Ch.11 containing active sites polypeptide situs aktif Glutamic Acid (E) Tyrosin (Y) and built the Ferroxidase diiron centre. The relative gene expression was applied  in two rice varieties: Kangkung (tolerant) and Sunggal (sensitive) under FeSO4 stress and oxidative stress induced by H₂O₂ treatment conditions: FeSO₄ 300ppm, FeSO₄ 600ppm, H₂O₂ 30mM, H₂O₂ 60mM, and combination of FeSO₄ 300ppm and H₂O₂ 30mM. Relative gene expression was quantified using real-time quantitative PCR (qPCR). The amplification efficiency of OsFER Ch.11, OsFER Ch.12, and GAPDH was determined to be 93%, 105%, and 96%.In the Kangkung variety, the expression ratio of OsFER genes was significantly higher for OsFER Ch.12 compared to OsFER Ch.11. OsFER Ch.12 expression was highest under Fe2+ stress conditions, with values of 1.329 at 300 ppm FeSO₄ and 1.207 at 600 ppm FeSO₄. Conversely, OsFER Ch.11 expression was repressed under these conditions, with values of 0.717 and 0.704, respectively. In contrast, under stress conditions, the Sunggal variety did not exhibit significant changes in gene expression for either OsFER Ch.11 or Ch.12.These findings suggest that the higher expression of OsFER Ch.12 in the Kangkung variety contributes to its enhanced tolerance to Fe²⁺ stress compared to the more susceptible Sunggal variety. Differences in the regulation of OsFER gene expression have the potential to provide insight into differences in the mechanisms of tolerance to Fe²⁺ stress and oxidative damage between rice varieties."

"Padi yang dapat dibudidayakan di lahan kering diperlukan untuk meningkatkan ketahanan pangan. Analisis morfologis dan molekuler merupakan salah satu cara untuk mengetahui toleransi tanaman terhadap kekeringan. Penelitian ini bertujuan menentukan varietas padi yang tahan kekeringan melalui analisis morfologis serta molekuler. Sampel yang digunakan terdiri dari INPARI 32, INPARI 42, Pare Bakato Kaka, dan Pare Lambem yang ditumbuhkan pada dua perlakuan yaitu kontrol dan kekeringan (germinasi pada PEG 6000 20% dan modifikasi penyiraman). Hasil penelitian menunjukkan bahwa persentase perkecambahan, bobot radikula, dan rata-rata jumlah daun (35 HST) pada tiap varietas tergolong toleran, sementara itu untuk skor kelengkungan daun diketahui bahwa Pare Lambem menunjukkan kondisi daun yang tergolong agak peka (skor 5), sedangkan tiga varietas lain tergolong kategori toleran (skor 1). Data tinggi tanaman serta panjang daun pada 7 HST dan 35 HST menunjukkan pola hasil yang sama, yakni Pare Lambem berbeda signifikan pada perlakuan kontrol dan kekeringan berdasarkan uji t (kategori peka), sementara varietas lain termasuk kategori toleran. Berdasarkan tujuh parameter uji, diperoleh kategori toleransi total. Pare Lambem tergolong kategori agak toleran (42,8%), sedangkan varietas lain tergolong kategori toleran (85,7%). Hasil analisis molekuler menunjukkan bahwa fragmen OsDREB2A terdapat pada varietas uji serta memiliki homologi 100% dengan sekuens DREB2A dari kultivar Pokkali. Mutasi sekuens tidak ditemukan pada urutan nukleotida maupun asam amino dari sampel varietas uji terhadap spesies pembanding. Struktur protein pada sampel uji menunjukkan kemiripan dengan model protein dari kultivar Pokkali. Varietas Jawa (peka) menunjukkan perbedaan sekuens nukleotida, asam amino, dan struktur protein terhadap kultivar Pokkali dan sampel uji.

---

Rice that can be grown in dry land is needed to increase food security. Morphological and molecular analysis are mechanisms to determine the drought tolerance level of plants. This study aims to determine drought-resistant rice varieties through morphological and molecular analysis. The samples used consisted of INPARI 32, INPARI 42, Pare Bakato Kaka, and Pare Lambem grown in two treatments (control and drought treatment (PEG 6000 20% and water modification)). The results showed that the percentage of germination, radicle weight, and the average number of leaves (35 DAP) in each variety belonged to the tolerant category, while for the leaf curvature scores, it was known that Pare Lambem showed a leaf condition that was classified as sensitive category (score 5), while the other three varieties belonged to the tolerant category (score 1). Data on plant height and leaf length at 7 DAP and 35 DAP showed the same yield pattern, namely Pare Lambem was significantly different in the control and drought treatment samples based on the t-test (sensitive category), while other varieties were in the tolerant category. Based on the seven test parameters, the total tolerance category was obtained. Pare Lambem was classified into the slightly tolerant category (42.8%), while other varieties were classified as tolerant (85.7%). The molecular analysis results showed the presence of OsDREB2A in all tested varieties also had 100% homology with DREB2A sequences from the Pokkali. Sequence mutations were not found in the nucleotide or amino acid sequences of the tested samples against the comparison species. The protein structures of the tested samples showed similarities to the protein model of the Pokkali cultivar. The Java variety (sensitive) showed differences in nucleotide sequences, amino acids, and protein structure against Pokkali and tested samples."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan menganalisis DNA genom 118 generasi pertama (T0) dengan metode Southern hybridization dan 549 generasi kedua (T1) dengan metode PCR dan uji seleksi pada tanaman padi (Oryza sativa L.) hasil transformasi T-DNA yang mengandung transposon Ac/Ds pembawa activation tag, melalui metode infeksi Agrobacterium tumefaciens L. dengan plasmid pMO22. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI, Cibinong selama 10 bulan (Agustus 2007--Mei 2008). Analisis Southern hybridization menunjukkan 9 dari 46 tanaman T0 mengandung single copy T-DNA. Generasi T1 yang diperoleh dari 9 parental (T0) yaitu sebanyak 549 tanaman. Analisis aktivitas transposon Ds pada 161 tanaman T1 dari 5 parental T0 dengan PCR eksisi menunjukkan 110 tanaman memiliki aktivitas transposon Ds. Keberadaan transposon Ac/Ds pada genom tanaman T1 dideteksi dengan penanda reporter gen gfp, bar, dan hpt. Uji GFP tidak berhasil mendeteksi gen gfp dalam transposon Ds karena ekspresi gen tersebut lemah. Uji seleksi basta dan uji higromisin pada 161 tanaman T1 dari 5 parental T0 menunjukkan 78 tanaman mutan yang mengandung transposon Ds stabil (tidak mengandung transposon Ac). Penelitian berhasil membuktikan sistem transposon Ac/Ds dapat digunakan untuk memperoleh populasi tanaman padi mutan yang mengandung transposon Ds stabil pembawa activation tag, dengan posisi yang berbeda-beda."