MRSA merupakan penyebab infeksi nosokomial yang menjadi masalah kesehatan utama dibanyak rumah sakit di dunia, termasuk Indonesia. Patogen ini memiliki banyak faktor virulensiserta dapat mengembangkan resistensi terhadap berbagai kelas antibiotik, sehingga membuatinfeksi MRSA menjadi lebih sulit untuk diobati. Informasi terkait data genomik dari strainMRSA di Indonesia saat ini masih sangat terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuanuntuk memberikan informasi mengenai karakteristik genomik beserta profil virulensi danresistensi antibiotik dari 17 isolat tersimpan MRSA yang diisolasi dari pasien di rumah sakitrujukan. Dilakukan whole genome sequencing menggunakan platform Illumina NovaSeq 6000,kemudian dilanjutkan dengan analisis bioinformatika menggunakan pipeline ASA3P danBacannot. Hasil analisis menunjukkan bahwa ST239-SCCmec III-t37 (CC8) adalah yangpaling dominan ditemukan diantara semua isolat (41%). Selain itu, ditemukan ST baru (ST4abd) yang memiliki kemiripan yang tinggi dengan ST6. ST lain yang ditemukan adalahST772, ST97, ST8, dan ST118, yang termasuk dalam CC1, CC5, CC8, CC97. Semua isolatMRSA memiliki faktor virulensi yang tinggi, terutamaditemukan isolat MDR sebanyak 83,2% dengan resistensi paling tinggi ditunjukkan olehST 8, ST 6, dan ST 4abd. Selain itu,ST239. Hasil penelitian ini menunjukkan adanya strain HA-MRSA dan CA-MRSA pada isolattersimpan dari rumah sakit rujukan dengan profil virulensi dan resistensi yang tinggi.

---

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major cause of nosocomial infections

in many healthcare settings worldwide, including Indonesia. This pathogen exhibits multiple

virulence factors and can develop resistance to multiple classes of antibiotics, causing MRSA

infections become difficult to treat. However, the genomic data of MRSA in Indonesia is still

limited. Therefore, this study aims to provide information regarding genomic characteristics,

virulence and antibiotic resistance profiles of 17 archived MRSA isolates from patients in

referral hospital. Whole genome sequencing was conducted using the Illumina NovaSeq 6000

platform, followed by bioinformatic analysis employing the ASA3P and Bacannot pipelines.

Analysis revealed that the ST239-SCCmec III-t37 (CC8) lineage predominated among all

isolates (41%). Additionally, a novel ST (ST 4abd) closely related to ST6 was identified. Other

STs found included ST772, ST97, ST8, and ST118, belonging to CC1, CC5, CC8, and CC97,

respectively. All MRSA isolates possess numerous virulence factors, notably prominent in ST

8, ST 6, and ST 4abd. Furthermore, 83.2% of isolates exhibited multidrug resistance (MDR),

with highest resistance observed in the ST239 lineage. This research emphasized the presence

of HA-MRSA and CA-MRSA in referral hospital with high virulence and antibiotic resistance

trait.