Sebagai instrumen desentralisasi asimetris, dana otonomi khusus memiliki peran penting dalam mencapai tujuan pembangunan sebagaimana amanat UU Nomor21 tahun 2001 tentang otonomi khusus Papua. Namun, penggunaannya dinilai belum optimal akibat masih maraknya belanja yang tidaksesuai dengan ketentuan undang-undang yang berimbas pada tidak meratanya tingkat pembangunan daerah-daerah di tanah Papua. Padahal tingkat pembangunan ini diduga memiliki pengaruh terhadap peningkatan kapasitas pajak daerah sebagai cerminan sumber pendanaan belanja daerah yang mandiri dan berkelanjutan. Studi ini bertujuan untuk melihat pengaruh dana otonomi khusus terhadap kapasitas pajak pada 40 dari 42 kabupaten dan kota di Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat dalam rentang tahun 2010 hingga tahun 2019. Dengan menggunakan asumsi balanced paneldan metode two-stage least square(2SLS) yang menduga adanya endogenitaspada variabel capaian pembangunan yang juga menjadi salah satu taxable capacity daerah, hasil estimasi menunjukkan bahwa tidak adanya masalah simultanitas yang mengindikasikan tidak terbuktinya hubungan tidak langsung dana otonomi khusus terhadap kapasitas pajak daerah. Terlepas dari hal tersebut, dana otonomi khusus memiliki insentif terhadap peningkatan pendapatan per kapita daerah. Namun, peningkatan pendapatan per kapita ini tidak dapat mempengaruhi kapasitas pajak daerahnya secara signifikan. Adapun beberapa rekomendasi kebijakan yang dapat diberikan dari penelitian ini diantaranya adalah proses penyesuaian alokasi belanja Pemda sesuai dengan ketentuan konstitusi yang berlaku, optimalisasi sektor produktif masyarakat, serta pengetatan dan pengevaluasian kembali mulai dari proses perencanaan hingga pengawasan dan pertanggung jawaban pembangunan pada segi pendapatan, pengeluaran, administrasi, maupun kelembagaannya.