Keterlibatan Indonesia di Timor Timur secara de facto berlangsung sejak tahun 1974 hingga tahun 1999. Namun demikian, periode tersebut bukanlah periode dengan pola kebijakan dan pengambilan kebijakan luar negeri yang konsisten serta teratur. Sekurangnya terdapat lima periode panting dalam kebijakan luar negeri Indonesia terhadap masalah Timor Timur yang memperlihatkan iregularitas serta inkonsistensi dalam pola pengambilan kebijakan serta kebijakan yang dihasilkannya. Periode tersebut adalah periode tahun 1974-1983, 1983-1989, 1989-1991, 1991-1997 serta 1997- 1999. lregularitas yang terjadi pada tiap periode tersebutlah yang menjadi concern dari penelitian ini.
Penelitian ini berusaha untuk mencari jawaban mengenai faktor apakah yang secara dominan mempengaruhi iregularitas tersebut. Diajukannya military industrial complex sebagai unit eksplanasi untuk menjawab pertanyaan tersebut, terutama didasari pertimbangan bahwa belum ada peneliti Iainnya yang melihat persoalan Timor Timur dari sudut tersebut, disamping karena military industrial complex menjanjikan sebuah jawaban yang lebih komprehensif, yang banyak melibatkan story behind the story, bagi persoalan tersebut.
Eksplanasi di dalam penelitian ini diiakukan dengan mengajukan tiga pertanyaan dasar yaitu "siapa(kah)" yang termasuk dalam unsur military
industrial complex, "apa(kah)" kepentingan dari unsur-unsurnya tersebut, dan dengan cara "bagaimana(kah)" unsur-unsur tersebut mempengaruhi proses pembuatan kebijakan luar negeri indonesia dalam masalah Timor Timur?
Sumber yang digunakan dalam peneiitian ini adalah sumber-sumber primer, yaitu wawancara langsung dengan tokoh-tokoh dari berbagai kelompok yang terlibat dalam masalah Timor Timur serta menyaksikan langsung berbagai konstalasi politik yang terjadi di Timor Timur terutama selama periode Juli sampai dengan September 1999, sebeium hingga setelah pelaksanaan jajak pendapat. Sementara itu sumber-sumber sekunder diperoleh dari berbagai buku, majalah, jurnal, dan koran. Untuk menjaga aktualita data, penulis juga banyak menggunakan data-data dari berbagai situs intemet terutama yang berkaitan arm transfer baik kualitas maupun kuantitasnya.