Keberadaan pesantren dalam era perubahan yang berjalan terlalu cepat ini dapat pula rnengalami kegancangan dengan pergeseran fungsi bahkan sampai terjadi disfungsi kelembagaan pesantren yang mengakibatkan kemunduran. Abdullah (1996:111) menyatakan bahwa pesantren mengalami perubahan, baik sehagai akibat dari dinamika internal maupun. sebagai penetrasi "dunia luar". Dalain studi ini berusaha melihat Pesantren Karangsari yang tengah dalam tantangan modernitas.
Penelitian ini ingin menggali faktor-faktor yang melatarbelakangi kemunduran pesantren, Dari Perspektif Pakta Social dengan Teori Siruklural Fungsional dikaji faktor-faktor eksternal kemunduran pesantren. Sementara untuk menggali lebih dalam terutama faktor-faktor internal pesantren dikaji dengan Perspekt if Definisi Social.
Penelitian dilakukan secara kualitatif sebagai konsekuensi inetodologis Perspektif Deflnisi Social dengan wawancara mendalam, analisa dokumentasi dan
observasi partisipatif untuk menggali lehih dalam informasi mengenai faktor-faktor kemunduran pesantren. Sebagai konsekuensi metodologis Perspektif Fakta Sosial untuk mendapatkan data mengenai tingkat pengetahuan, sikap dan perilaku anggota masyarakat di lokasi penelitian Berta faktor-faktor eksternal kemunduran pesantren dengan menggunakan kuesioner. Penelitian dilakukan selama kira-kira 6 bulan di Pondok Pesantren Karangsari (PPKS) di Desa Karangsari, Kec. Kembaran, Kab. Banyumas.
Temuan lapangan menunjukkan bahwa terdapat faktor-faktor internal dan eksternal yang melatarbelakangi terjadinya kemunduran PPKS. Faktor internal berkisar pada : rnemudarnya kharisma kyai PPKS, pergeseran fungsi kyai dan pesantren dari multifungsi rnenjadi monofungsi menyempitkan perannya ditengah masyarakat, lemahnya daya adaptif pesantren karena sikap uzlahnya, adanya konflik internal ditubuh PPKS turut pula andil terhadap kemundurannya. Faktor internal yang paling dominan dalam kemunduran PPKS adalah lemahnya daya adaptif PPKS.
Faktor eksternal kemunduran pesantren lebih didominasi oleh faktor modernisasi yang tercerrnin dalam beberapa faktor, yaitu : hadirnya sekolah umum, penempatan pesantren dalam Sistem Pendidikan Nasional yang terkesan sebagai pendidikan nomor dua setelah pendidikan umum, pergeseran penilaian masyarakat terhadap pendidikan, di samping terputusnya hubungan antara PPKS dengan Depag dan intervensi pemerintah lokal (Desa) yang Golkar menekan dan menghambat kelangsungan PPKS yang berafiliasi ke PPP.