Estuari Cisadane yang mencakup bagian sungai sepanjang 12km di muara telah mengalami pencemaran akibat berbagai kegiatan,terutama pencemaran organik dari kegiatan perkotaan di bagian hulunya. Penelitian ini dimaksudkan untuk mendapakan informasi mengenai tingkat produktivitas primer perairan estuari yang telah mengalami pencemaran bahan organik tersebut pada musim kemarau saat debit aliran sungai rendah. Selain itu juga dibahas seberapa besar peranan produktivitas primer dalam pemasok oksigen bagi keperluan respirasi dan dekomposisi perairan. Tingkat produktivitas primer estuari Cisadane di permukaan sampai kedalaman 80 cm berkisar 53,52-128,91 mgC/m3/jam. Tingkat produktivitas ini tergolong tidak banyak berbeda dengan tingkat produktivitas beberapa perairan estuari dan perairan teluk lainnya di indonesia. Walaupun demikian,tingkat kecerahan yang rendah,yang hanya belasan cm saja dibanding dengan kedalaman perairan rata-rata 5,3 m,nampaknya membatasi tingkat produktivitas primer secara keseluruhan,sehingga tidak cukup berperanan dalam memasok oksigen bagi keperluan metabolisme perairan.