Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh pemilihan auditee, kompetensi dan independensi auditor terhadap kualitas audit kepabeanan. Peneliti ini di lakukan di Direktorat Jendral Bea dan Cukai dengan data audit kepabeanan tahun 2013 dan 2014. Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif dengan menggunakan metode estimasi generalized least square pada structural equation modeling dengan aplikasi IBM SPSS AMOS versi 22. Hasil penelitian menunjukan bahwa independensi auditor berpengaruh positif terhadap kualitas audit kepabeanan, dan perlu pengembangan model prediksi hasil audit yang lebih baik. Kompetensi auditor tidak berpengaruh terhadap kualitas audit kepabeanan dan perlu tindakan segera terhadap gejala kelelahan .