ABSTRAKTingginya angka infeksi virus dengue (DENV) di Indonesia merupakan masalah
kesehatan yang masih belum tertangani. Pengobatan infeksi DENV hingga saat ini
masih mengandalkan imunitas penderita. Berbagai jenis antiviral DENV sedang
dikembangkan, salah satunya menggunakan rekayasa genetika berbasis sekuens
untranslated region (UTR). Namun data mengenai UTR DENV masih sedikit. Oleh
karena itu, penulis melakukan penelitian untuk menganalisa sekuens dan
filogenetik UTR DENV-1. Dalam penelitian ini, dua strain Indonesia dibandingkan
dengan 25 strain dari GenBank menggunakan program Genetyx 5.1. Hasil
penelitian ini menunjukan bahwa terdapat beberapa sekuens yang lestari, sehingga
memenuhi kriteria sebagai target siRNA, yaitu 3’UAR, CS1, CS2, dan RCS2.
Sementara sekuens 5’ UTR tidak memenuhi syarat siRNA karena ditemukan
perubahan pada beberapa strain, termasuk strain Indonesia. Filogenetik
menggunakan UTR tidak sesuai dengan filogenetik envelope dan tidak dapat
digunakan untuk menjelaskan pola penyebaran DENV-1.
ABSTRACTHigh prevalence of dengue virus (DENV) infection still become an unresolved issue
in Indonesia. Treatment for DENV infection relies heavily on natural immunity.
Various DENV antivirals are on development, one of them is untranslated region
(UTR)-sequence-based. However, there is only a few number of data available on
UTR DENV. Therefore, this research was done to analyze the sequence and
phylogenetic of UTR DENV-1. Two Indonesia strains were compared with 25
strains from GenBank using the Genetyx 5.1 program. There are four conserved
sequences that fill criteria as siRNA targets, which are 3’UAR, CS1, CS2, and
RCS2. 5’UTR sequence does not fill the siRNA criteria because mutations were
found within some strains, including Indonesia strains. Phylogenetic using UTR
does not fit envelope phylogenetic and can not be used to explain the DENV-1
pattern.