Penegakan hukum dan keamanan di laut Nusantara memang masih tumpang-tindih (overlapping) dan menjadikan kegiatan penangkapan hingga pemeriksaan terhadap kapal niaga nasional, kapal ikan, dan kapal-kapal asing banyak dikeluhkan oleh para operator pelayaran. Hal ini disebabkan bahwa penegakan hukum di laut terdapat 15 lembaga yang mempunyai kewenangan yaitu : pertama, lembaga yang mempunyai tugas patroli (TNI AL, Polisi perairan, PPNS Bea Cukai, Kesatuan Penjaga Laut dan Pantai (KPLP), PPPNS KKP, Bakorkamla, dan Karantina)