[Dalam Bioinformatika, untuk menganalisis hubungan kekerabatan ataufilogenetika, dibutuhkan segmen CDS untuk keakuratan yang maksimal. Namun,analisis dengan menggunakan CDS membutuhkan biaya yang mahal dan waktuyang lama, sehingga dibutuhkan segmen pendek namun representatif dengan CDSyaitu segmen protein envelope atau NS3. Setelah dilakukan metode nested slidingwindow, ternyata dapat ditemukan segmen pendek yang lebih baik dalam segitopologi dari segmen protein envelope maupun NS3. Pada skripsi ini akan dibahasmetode matematika untuk menganalisis sekuen dengan menggunakan nestedsliding window untuk mencari segmen pendek yang representatif untukkeseluruhan Genom., In order to analyze phylogenetics in Bioinformatics, CDS segment is needed formaximal accuracy. However, analysis by CDS cost a lot of time and money, so arepresentative short segment by CDS, which is envelope protein segment or NS3 isnecessary. After sliding window is implemented, a better short segment thanenvelope protein segment and NS3 is found.This paper will discuss a mathematicalmethod to analyze sequences using nested sliding window to find a short segmentwhich is representative for whole genome.]