Air waduk Riam Kanan dimanfaatkan untuk air irigasi, sumber baku air minum, perikanan, pembangkit listrik dan transportasi air. Aktivitas penduduk, pertanian, peternakan dan pertambangan emas di DAS Sungai Riam Kanan serta budidaya perikanan jaring apung di Waduk Riam Kanan dapat menyebabkan degradasi kualitas airnya. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui potensi sumber pencemar yang berasal dari daerah tangkapan air (DTA), kegiatan perikanan, karakteristik kualitas air, status trofik, dan stratifikasi Waduk Riam Kanan. Penelitian dilakukan pada Mei 2009 dan Agustus 2009. Metoda penelitian dilakukan dengan cara pengumpulan data primer, sekunder dan pengambilan contoh air untuk diujievaluasi pengujian kualitas air dilakukan berdasarkan PP No.82/2001 tentang Pengelolaan Kualitas Air dan pengendalian pencemaran air dan status trofik dievaluasi dengan kriteria Eutrofikasi danau yaitu Kep.Men LH No.28/2009. Hasil penelitian menunjukkan bahwa potensi emisi beban pencemaran di DTA Waduk Riam Kanan adalah Nitrogen total 488kg/hari, fosfat total 158kg/hari. Dari hasil pengujian air dapat disimpulkan bahwa air waduk masih memenuhi syarat untuk pemanfaatan kelas 1,2,3,4 PP 82/2001 dan status trofik waduk adalah mesotrofik-eurotrofik. Stratifikasi Waduk Riam Kanan adalah oligomictic.