Penanganan kasus tindak pidana korupsi yang selama ini terjadi di Indonesia terdapat dualisme yurisdiksi, artinya adalah bahwa dalam penanganan kasus tindak pidana korupsi ada dua lembaga pengadilan yang berwenang untuk menanganinya, yaitu Pengadilan Negeri dan Pengadilan Tipikor. PUTUSAN MK No 012-016- 019/PUU-IV/2006 telah membuahkan kontroversi. Masyarakat ahli hukum mempertanyakan isi putusan tersebut, khususnya tentang rentang waktu tiga tahun untuk pembentukan suatu undang-undang pengadilan tindak pidana korupsi (tipikor) karena dinilai melanggar asas kepastian hukum. Di sisi lain, dipersoalkan keperluan pembentukan Pengadilan Tipikor dalam lingkungan Peradilan Umum, di samping Pengadilan Negeri yang sudah ada yang juga berwenang memeriksa dan memutus perkara korupsi. Mahkamah Konstitusi dalam Putusannya menyatakan bahwa pembentukan Pengadilan Tipikor yang didasarkan atas Pasal 53 Undang-Undang KPK itu tidak sesuai dengan Pasal 24A ayat (5) UUD 1945. Menurut Mahkamah Konstitusi, seharusnya pembentukan Pengadilan Tipikor itu berdasarkan pada Undang-Undang Pengadilan Khusus Tipikor. Pemberlakuan Pasal 53 Undang-Undang KPK itu melahirkan dualisme sistem peradilan yang berbeda dalam lingkungan peradilan yang sama, tapi dengan hukum acara yang berbeda. Ini menunjukkan standar ganda dalam pemberantasan tindak pidana korupsi yang menimbulkan ketidakpastian hukum.Mahkamah Konstitusi menyadari bahwa apabila Pasal 53 Undang-Undang No. 30 Tahun 2002 tentang KPK dinyatakan bertentangan dengan konstitusi, maka akan mengakibatkan pemeriksaan korupsi oleh KPK dan Pengadilan Tipikor yang sedang berjalan menjadi terganggu atau terhambat karena kehilangan dasar hukum. Oleh karena itu Mahkamah harus mempertimbangkan perlunya menyediakan waktu bagi proses peralihan yang mulus untuk terbentuknya aturan yang baru. Mahkamah Konstitusi memberikan waktu tiga tahun kepada pembuat undang-undang (lembaga legislatif) untuk segera menyelaraskan Undang-Undang KPK dengan UUD 1945 dan membentuk Undang-Undang tentang Pengadilan Tipikor sebagai pengadilan khusus satu-satunya sistem peradilan tindak pidana korupsi sehingga dualisme sistem peradilan tindak pidana korupsi dapat dihilangkan.