Semakin berkembangnya pasar modal di Indonesia, yang disertai dengan meningkatnya volume transaksi Efek di Bursa Efek, menyebabkan semakin diperlukannya penyelenggaraan proses kliring efek yang efisien. Skripsi ini merupakan hasil analisa resiko yang mungkin timbul dalam penyelenggaraan proses kliring efek. Tujuan dari analisa ini adalah untuk penyusun suatu program audit internal yang lebih efektif, yang diharapkan mampu meminimasikan resiko yang ada. Dari hasil penelitian, program audit yang dapat diterapkan pada proses kliring efek secara lebih efektif adalah dengan menggunakan pendekatan siklus yang berorientasi pada analisa resiko, dengan bentuk dan isi program audit yang dapat memberikan informasi mengenai latar belakang aktivitas, tujuan pemeriksaan, dokumen pendukung dan prosedur yang harus dilakukan dan proses pemeriksaan. Selain itu suatu program audit juga harus fleksibel, sehingga memberikan keleluasaan pada auditor untuk menerapkan profesional judgment-nya.