Di masa mendatang, Perusahaan Efek akan berkembang pesat seiring dengan berkembangnya Bursa Efek di Indonesia. Perusahaan Efek menggabungkan sekaligus ketiga fungsi penjaminan emisi efek (underwriting), jual beli efek (trading) dan penasehat investasi (investment advisory), sehingga pencatatan yang harus dilakukan oleh Perusahaan Efek menjadi unik sekaligus rumit. Penelitian dilakukan melalui studi kepustakaan dan studi lapangan untuk meningkatkan pemahaman atas mekanisme perdagangan efek, prosedur pencatatan dan struktur pengendalian intern pada Perusahaan Efek. Sebagian besar penelitian dilakukan melalui studi kepustakaan karena pencatatan-pencatatan yang dijalankan oleh Perusahaan Efek di Indonesia belum dapat dijadikan rujukan karena belum diatur secara jelas. Keunikan transaksi yang terjadi pada Perusahaan Efek memerlukan suatu Struktur Pengendalian Intern yang baik sehingga tingkat kepercayaan atas laporan keuangan dapat ditingkatkan. Audit pada suatu Perusahaan Efek sangat tergantung pada efektifitas pengendalian intern atas transaksi-transaksi yang terjadi, terutama pengendalian yang berhubungan dengan pengakuan pendapatan, otorisasi transaksi, konfirmasi transaksi, dan ketaatan pada peraturan yang diberlakukan pemerintah maupun bursa. Oleh karena itu, pemahaman atas struktur pengendalian intern pada Perusahaan Efek yang diaudit harus direncanakan dan dilakukan dengan baik. Penulis menyarankan agar Ikatan Akuntan Indonesia mempertimbangkan perlunya pengaturan akuntansi bagi Perusahaan Efek di Indonesia dalam bentuk suatu Standar Akuntansi mengingat banyaknya transaksi yang mungkin dilakukan oleh suatu Perusahaan Efek dfan resiko audit yang terkait.