Karena adanya perbedaan konsep pengakuan pendapatan dan biaya antara Standar Akuntansi Keuangan dan ketentuan perpajakan timbullah dua macam perbedaan, yaitu perbedaan tetap dan perbedaan waktu. Perbedaan tetap adalah perbedaan yang disebabkan karena biaya-biaya yang tidak boleh dikurangkan dan pendapatan yang tidak boleh dltambahkan pada waktu menghitung penghasilan kena pajak untuk menghitung hutang pajak penghasilan perusahaan. Perbedaan ini dapat diselesaikan dengan menunjukkan pengaruh-pengaruh tersebut pada laporan keuangan. Perbedaan kedua, yaitu perbedaan waktu adalah perbedaan yang disebabkan karena adanya perbedaan periode pengakuan dan metode pengakuan biaya dan pendapatan. Perbedaan ini memerlukan alokasi, dan yang khusus dari perbedaan ini adalah munculnya akun pajak penghasilan yang ditangguhkan yang merupakan penampung perbedaan waktu tersebut. Metode alokasi pajak penghasilan menurut teori ada tiga, yaitu metode penangguhan (deffered method), metode kewajiban (liability method) dan metode netto pajak ( net-of-tax method ). Tetapi metode yang dikenal di Indonesia hanya metode penangguhan dan metode kewajiban. Perbedaan utama kedua metode ini, terletak pada asumsinya, yaitu metode kewajiban mengasumsikan adanya perkiraan tarif pajak pada masa yang akan datang dan jika ada perubahan tarif pada masa yang akan datang yang tidak sesuai dengan tarif yang telah ditetapkan sebelumnya, maka harus ada penyesuaian. Merujuk pada kedua metode tersebut, penulis meneliti penerapan alokasi pajak penghasilan pada perusahaan-perusahaan go public di Indonesia. Metode yang paling banyak digunakan adalah metode kewajiban. Teori dan aplikasinya ternyata berbeda dan banyak di temukan keganjilan-keganjilan. Sedangkan yang menggunakan metode kewajiban hanya bebarapa perusahaan. Teapi dari hash penelitian ini, dapat terlihat bahwa penerapan alokasi menurut metode penangguhan lebih baik daripada metode kewajiban dari segi pencatatan dan transparansi. Sehingga tidak membingungkan pembaca laporan keuangan mengenal jumlah-jumlah akun-akun yang berhubungan dengan alokasi pajak penghasilan, terutama akun pajak penghasilan yang ditangguhkan. Hal yang lain yang menarik adalah peranan catatan laporan keuangan yang sangat penting untuk menjelaskan jumlah-jumlah akun secara terinci dalam neraca dan laporan laba rugi perusahaan.