Pembiayaan murabahah adalah pembiayaan yang mengharuskan adanya transparansi harga beli barang (modal beli barang) dan berapa margin keuntungan yang diinginkan Bank selaku penjual kepada Nasabah selaku pembeli sebagai tambahan harga. Hal yang terpenting untuk menilai apakah dalam kegiatan perbankan Syariah, khususnya PT. Bank Muamalat Indonesia, telah benarbenar menerapkan prinsip-prinsip syariah dalam melakukan pembiayaan dengan menggunakan akad murabahah adalah dengan cara mengkaji dan meneliti bagaimana penerapan pembiayaan akad muarabahah (khususnya menyangkut penentuan profit margin) pada perbankan Syari'ah.Dani hasil penelitian yang telah dilakukan, dihasilkan sebuah kesimpulan bahwa penentuan profit margin pada pembiayaan akad murabahah masih mengandung unsur-unsur yang seharusnya tidak dijadikan patokan dalam menentukan margin keuntungan. Seperti masih dimasukkannya hal-hal yang tidak terkait langsung dengan transaksi pembiayaan murabahah sebagai harga bell barang yang menurut jumhur ulama tidak dapat dibebankan kepada Nasabah Pembeli. Sebagai contoh adalah biaya tenaga kerja dan biaya-biaya yang semestinya dibebankan kepada Bank selaku penjual. Oleh karena itu, perlu dilakukan rekonstruksi terhadap mekanisme penentuan profit margin tersebut sehingga benar-benar telah sesuai dengan prinsip-prinsip Syari'ah, khususnya mencegah adanya unsur riba yang diharamkan Islam dalam melakukan transaksi pembiayaan murabahah.